Penelitian ini bertujuan untuk mendeskripsikan hasil perhitungan indeks biodiversitas serta nilai FBI (Family Biotic Index) dan menganalisis data keanekaragaman jenis capung subordo Zygoptera sebagai bioindikator kualitas air di aliran sungai kawasan Muria. Jenis penelitian ini termasuk penelitian deskriptif kualitatif. Penelitian dilakukan tanggal 15-25 Agustus 2018 dan tanggal 5-7 Januari 2019 di tiga stasiun yaitu Sungai Kembang, ±200 mdpl, Air Terjun Montel, ±600 mdpl, dan Sungai Roti, ±800 mdpl. Seluruh data capung diambil dengan menggunakan metode jelajah (visual day flying) dan pengambilan sampel air dengan menggunakan water sample pada kedalaman terdekat dengan dasar perairan sungai. Berdasarkan hasil penelitian didapatkan ada 180 individu capung subordo Zygoptera dari 4 spesies dan 4 family yaitu Euphaea variegata (Euphaeidae), Nososticta insignis (Protoneuridae), Vestalis luctuosa (Calopterygidae), dan Copera marginipes (Platycnemididae). Spesies capung yang banyak dijumpai yaitu capung Euphaea variegata yang memiliki indeks kelimpahan paling tinggi. Keanekaragaman jenis bekisar antara 0,7-0,8(rendah), indeks kemerataan jenisnya berkisar antara 0,5-0,6 (cukup merata) dan dominansi jenisnya berkisar antara 0,4-0,5 (sedang) dikarenakan kondisi lingkungan yang kurang stabil sebagai habitat capung. Keanekaragaman jenis capung memiliki keterkaitan sebagai bioindikator kualitas air dan analisis nilai FBI (Family Biotic Index) family Euphaeidae, Protoneuridae, Calopterygidae dan Platycnemididae secara berturut-turut yaitu 3,7; 2,8; 0,1; dan 0,06 yang menunjukkan kualitas air sungai di kawasan Muria desa Colo, Kudus dalam kategori sangat baik dan tidak terpolusi bahan organik. Hal ini membuktikan capung subordo Zygoptera dapat dijadikan sebagai bioindikator kualitas air untuk mengetahui ada tidaknya pencemaran bahan organik di suatu perairan.