Salah satu limbah industri yang dampaknya sangat dirasakan oleh masyarakat yakni industri limbah tapioka. Desa Ngemplak Kidul merupakan sentral industri tapioka di Kecamatan Margoyoso Kabupaten Pati. Selain itu, sumber belajar berupa petunjuk praktikum di MA Salafiyah Pati belum ada. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui perbedaan struktur anatomi daun pada tanaman kayu apu (Pistia stratiotes L.) yang terinduksi limbah cair tapioka dengan yang tidak terinduksi limbah cair tapioka dan mengetahui kelayakan petunjuk praktikum berbasis penelitian struktur anatomi tanaman kayu apu yang terinduksi limbah cair tapioka pada sub materi jaringan tumbuhan. Metode penelitian yang digunakan adalah metode Research and Development (R&D) dengan model 10 langkah dan menggunakan Rancangan Acak Lengkap (RAL) (penelitian tanaman kayu apu yang terinduksi limbah cair tapioka), yang terdiri dari 5 perlakuan (A1, A2, A3, A4) dan 1 kontrol (A5) dengan 3 pengulangan pada masing-masing perlakuan. Perlakuan dilaksanakan selama 7 hari dengan parameter morfologi (warna daun, kondisi daun, tekstur daun, jumlah daun dan panjang akar) dan parameter anatomi (daun). Hasil penelitian menunjukkan bahwa terjadi respon morfologi dan anatomi pada tanaman kayu apu yaitu berupa daun yang menguning, layu, lembek dan akar yang gampang putus. Respon anatominya berupa stromata yang menutup dan trikoma rusak pada perlakuan limbah cair tapioka. Buku petunjuk praktikum struktur daun kayu apu yang terinduksi limbah cair layak digunakan sebagai sumber belajar 89,8% dari hasil penilaian ahli media, ahli materi, guru dan pengguna.