Pembiayaan murabahah adalah pembiayaan yang diberikan oleh bank syariah untuk menalangi kebutuhan dana yang akan digunakan untuk membeli suatu benda/barang maupun jasa (modal/kerja) dimana nasabah hanya mewajibkan membayar cicilan keuntungan setiap bulan untuk modal kerja yang dibiayai bank syariah dan cicilan harga beli oleh bank syariah (pokok pinjaman) daru dibayar pada saat pelunasan (jatuh tempo). Didalam prakteknya KJKS BMT Bahtera Pekalongan menggunakan sistem wakalah yaitu praktiknya dalam pembelian barang murabahah, pihak BMT Bahtera hanya mewakilkan kepada nasabah untuk mencari dan membeli sendiri barang yang dibutuhkan.
Permasalahan yang dibahas dalam Tugas Akhir ini adalah bagaimana aplikasi pembiayaan murabahah di KJKS BMT Bahtera Pekalongan, dan bagaimana kendala di KJKS BMT Bahtera Pekalongan. Pada aplikasi pembiayaan murabahah dari adanya Pengajuan pembiayaan murabahah, Analisa pembiayaan murabahah, Analisa yuridis, Analisa jaminan, Persetujuan pembiayaan murabahah, Pengikatan oleh notaris dan intern/akad pembiayaan, Penerimaan jaminan, Pencairan dana (dropping dana). Dan pada kendala yang dihadapi adanya ketidaksesuaian yang dikarenakan banyaknya peningkatan pembiayaan dari tahun ke tahun, maka dari itu kurang adanya pengontrolan dari pihak BMT kepada nasabah tersebut.
Dengan metode sumber Data yaitu Data primer dan Data sekunder, penulis mendapatkan gambaran umum dan data tentang KJKS BMT Bahtera Pekalongan. Metode pengumpulan data dilakukan dengan Kualitatif dan metode yang digunakan adalah Deskriptif.