Costus afer dan C. lucanusianus adalah dua spesies koleksi Kebun Raya Bogor. Kedua tanaman tersebut memiliki karakter dan bentuk morfologi yang mirip, sehingga banyak yang menganggap kedua tanaman tersebut sama. DNA barcoding diaplikasikan sebagai bagian dari kegiatan konservasi genetik yang dilakukan pada C. afer dan C. lucanusianus. Salah satu region yang digunakan adalah ITS. Tujuan dari penelitian ini adalah mengetahui karakter nukleotida pada sekuen ITS guna menetukan batasan jenis C. afer dan C. lucanusianus. Data diperoleh dari isolasi DNA sampel C. afer dan C. lucanusianus koleksi Kebun Raya Bogor dengan mengikuti prosedur kit (TIANGEN). Amplifikasi PCR dilakukan sebanyak 35 kali, dilanjutkan elektroforesis dan sekuensing DNA di 1st BASE DNA Singapura. Analisis data dilakukan menggunakan software Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA X). alignment dilakukan menggunakan ClustalW dan dianalisis menggunakan Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) pada laman National Center for Biotechnology Information (NCBI). Pohon filogenetik direkonstruksi menggunakan Pair Group Method with Arithmetic Average (UPGMA) dan nilai bootstrap 1000. Analisis lanjutan menggunakan Assemble Species by Automatic Partitioning (ASAP). Hasil penelitian menunjukkan DNA C. afer dan C. lucanusianus teramplifikasi baik menggunakan primer ITS. Pita DNA yang dihasilkan tebal, tunggal, dan jelas. Hasil pohon filogenetik menujukkan semua jenis C. afer dan C. lucanusianus yang diambil dari NCBI terkonfirmasi sebagai C. afer. Nilai Treshold distance ASAP menunjukkan bahwa semua jenis partisi berada di bawah 0.01 kecuali jenis C. afer (AY994744) yang memiliki nilai Treshold distance 0.0127 sehingga spesies yang dujikan merupakan jenis yang sama.