SMP Negeri 1 Larantuka Flores Timur adalah sekolah yang memiliki siswa-siswi yang mayoritasnya beragama non muslim, oleh karena itu perlu ada penguatan Pendidikan Agama Islam di sekolah tersebut. Adapun tujuan dalam penelitian ini adalah 1) Untuk mengetahui upaya penguatan Pendidikan Agama Islam bagi siswa-siswi muslim minoritas di SMP Negeri 1 Larantuka Flores Timur. 2) Untuk mengetahui problem dan solusi upaya penguatan Pendidikan Agama Islam bagi muslim minoritas yang dilakukan di SMP Negeri 1 Larantuka Flores Timur.
Penelitian ini menggunakan metode kualitatif, jenis penelitian lapangan (qualitative research). Data diperoleh melalui observasi, wawancara, dan dokumentasi. Analisis data yang dilakukan dengan reduksi data, penyajian data, dan penarikan kesimpulan.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa penguatan Pendidikan Agama Islam yang dilakukan di SMP Negeri 1 Larantuka Flores Timur ialah dengan menyelenggarakan kegiatan ekstra rohani di luar jam mata pelajaran PAI yaitu dengan kegiatan Pembinaan Rohani, Penguatan Rohani, berbuka puasa bersama, dan halal bihalal.