Penelitian ini dilatarbelakangi oleh empat permasalahan utama, yaitu adanya persaingan antar madrasah, tuntutan masyarakat akan pendidikan yang berkualitas, menarik pelanggan pendidikan khususnya peserta didik, difrensiasi produk pendidikan yang berbeda. Penelitian ini menggunakan jenis penelitian lapangan jenis pendekatan kualitatif deskriptif. Hasil dari penelitian ini dapat disimpulan bahwa pengelolaan kelas unggulan sains dan riset di MTs negeri 1 Pati meliputi: 1) Perencanaan kelas unggulan sains dan riset di MTs Negeri 1 Pati adanya seleksi calon peserta didik yang diseleksi sesuai dengan bakat dan kemampuannya, psikotes untuk mengetahui potensi minat dan karakter anak, wawancara, dan tim pembelajaran membuat jadwal terkait materi pelajaran. 2) Pelaksanaan pembelajaran kelas unggulan sains dan riset di MTs Negeri 1 Pati sama seperti pembelajaran pada pagi hari pukul 07.00-13.30 WIB dan adanya penambahan jam pelajaran, guru membuat perangkat pembelajaran dari menyusun silabus, RPP, sampai evaluasi. 3) Evaluasi yang dilakukan, yaitu evaluasi bulanan berupa tes akademik dan non akademik untuk mengetahui kemajuan peserta didik yang mengahsilkan lulusan terrbaik dan prestasi. Berdasarkan analisis dalam perencanaan, perlu adanya konsep yang terarah dan lebih rinci berkaitan dengan program madrasah unggulan agar ada keberlanjutan yang jelas. Kedua pelaksanaan, sistem pembelajaran tambahan yang diterapkan sudah cukup baik, terkait fasilitas yang belum tersedia bisa dilengkapi khususnya yang berkaitan dengan sistem pembelajaran. Ketiga evaluasi, perlu adanya peningkatan dalam penyelenggaraan kelas unggulan sains dan riset kedepan dapat mencapai tingkat efektifitas dan efisiensi yang lebih baik