Keterampilan metakognisi peserta didik dari beberapa sekolah yang ada di Indonesia masih rendah khususnya di SMA Mazraatul Ulum Paciran Kabupaten Lamongan, dibuktikan dengan hasil pengukuran angket keterampilan metakognisi peserta didik pada dengan rerata persentase 41,8%, selain itu pengimplementasian pembelajaran biologi juga masih berpusat pada pendidik (Teacher center) dan memiliki keterbatasan dalam penggunaan media pembelajaran. Tujuan penelitian untuk mengembangkan media pembelajaran; menguji kelayakan produk; dan mendeskripsikan respon peserta didik terhadap media pembelajaran GEN-APPS. Jenis penelitian ini adalah Research and Development (RnD) dengan model pengembangan 4D (Define, Design, Development dan Disseminate). Hasil pengembangan berupa aplikasi (GEN-APPS) berbasis pendekatan MIKiR terintegrasi keterampilan metakognisi yang dinyatakan sangat layak digunakan sebagai media pembelajaran biologi dengan akumulasi penilaian ahli materi 90%; ahli media 86,9%; ahli metodologi 95,3%; tanggapan guru 90,4% dan hasil uji coba skala kecil pada peserta didik kelas XII diperoleh persentase 90,8% (sangat layak).