Pendidikan di masa abad ke-21 telah mengalami perubahan yang ditandai dengan berkembangnya literasi baru, seperti literasi digital, literasi sains, literasi lingkungan dan literasi biodiversitas. Memperbaiki literasi biodiversitas pada peserta didik bertujuan untuk membentuk individu yang memiliki pemahaman mendalam tentang keanekaragaman hayati. Peneliti mengembangkan e-ensiklopedia dalam bentuk e-flipbook, pengembangannya menggunakan software powerpoint, canva web, dan heyzine web. e-ensiklopedia yang dikembangkan dapat diakses kapan saja melalui web. Penelitian ini menggunakan jenis pengembangan Research and Development (R&D) dengan menggunakan model ADDIE (Analysis, Design, Development, Impementation, dan Evaluation). Hasil penilaian produk e- ensiklopedia berdasarkan validator ahli media, ahli materi, ahli literasi biodiversitas, dan kepraktisan menunjukkan hasil sangat layak untuk dipergunakan sebagai media pembelajaran biologi pada materi invertebrata dengan presentase 85,24%. Hal ini diketahui melalui uji kelayakan oleh ahli media dengan presentase 77%, ahli materi dengan presentase 76,4%, ahli literasi biodiversitas dengan presentase 87,3%, kepraktisan guru dengan presentase 95,6%, dan kepraktisan siswa dengan 38 responden mendapat presentase 89,9%. Hasil uji efektivitas siswa 38 responden dengan uji N-Gain skor pretest dan posttest diperoleh hasil rata-rata 40,39% yang mana masuk dalam kategori kurang efektif.