Salah satu upaya untuk memunculkan toleransi adalah melalui lembaga pendidikan. Pendidikan yang dimaksud adalah pendidikan formal pada jenjang menengah atas. Karena siswa-siswa SMA ini berada pada peralihan dari remaja menuju dewasa yang sering ditandai kurang bisa mengendalikan diri dengan baik. Namun pada faktanya intoleransi dalam dunia pendidikan masih marak terjadi. Institusi pendidikan yang seharusnya menjadi tempat yang kondusif bagi keberagaman justru berkembang kearah yang salah. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk memahami bagaimana pengaruh pendidikan formal terhadap tingkat toleransi beragama pada siswa SLTA di Kecamatan Donorojo. Apakah hal ini dipengaruhi dari jenis penyelenggara pendidikan yang berbeda, antara sekolah negeri, sekolah swasta dan sekolah swasta berbasis agama, karena setiap penyelenggara pendidikan mempunyai pendekatan toleransi beragama dan nilai-nilai yang ditanamkan berbeda.
Penelitian ini menggunakan metode kuantitatif komparasi, data primer berupa angket yang disebar dan diukur dengan skala likert. Subjek penelitian ini adalah siswa-siswi kelas IX SLTA di Kecamatan Donorojo dari 3 jenis SLTA yang diambil secara acak. Analisis data dalam penelitian ini menggunakan Uji One Way Anova dan Uji Independent Sample T-test yang dibantu progam SPSS 30. Hasil penelitian ini menunjukkan melalui uji Kruskal Wallis maka pendidikan formal berpengaruh terhadap tingkat toleransi beragama pada siswa SLTA di Kecamatan Donorojo, dengan nilai Sig. (p.value) < 0,05 atau 0,001 < 0,05, nilai uji Kruskal Wallis sebesar 24.378, sedangkan melalui uji Independent Sample T-test rata-rata sekolah negeri dan sekolah swasta tidak memiliki nilai yang sama, dengan nilai Sig. < 0,05 atau 0,001 < 0,05 dengan nilai perbedaan mean sebesar 5.795. Maka dalam prosesnya, toleransi beragama dipengaruhi oleh pendidikan formal dari jenis penyelenggara pendidikan yang berbeda antara sekolah negeri, sekolah swasta, dan sekolah swasta berbasis agama, karena setiap penyelenggara pendidikan mempunyai pendekatan toleransi beragama dan nilai-nilai yang ditanamkan berbeda. Interaksi antar siswa (individu-individu) dan interaksi antar kelompok merupakan salah satu aspek yang perlu diperhatikan bagi sekolah negeri dan swasta yang mempunyai lingkungan yang beragam, terdapat interaksi antar siswa karena sering bersinggungan dengan perbedaan, sedangkan untuk sekolah swasta berbasis agama dalam hal ini madrasah interaksi siswa dalam perbedaan tidak terjadi dikarenakan lingkungannya yang seragam. sedangkan interaksi antar kelompok dalam struktur sosial siswa dalam sekolah negeri dan sekolah swasta dapat berkembang ke arah yang positif atau negatif, dari aspek ini sekolah negeri dan swasta dapat menerima perbedaan daripada sekolah swasta. Pendidikan formal ini efektif dalam penanaman dasar teori toleransi dan nilai-nilai kebersamaan, namun bukan berarti pendidikan informal tidak mempunyai pendekatan dalam penanaman toleransi beragama justru pendidikan informal dapat memperkuat praktik nilai-nilai toleransi beragama di kehidupan sehari-hari melalui keluarga, masyarakat dan komunitas.