Pondok Pesantren Bali Bina Insani memiliki keunikan struktur pengajarnya tidak hanya kiai, ustad, atau ustazah namun ada juga pengajar yang beragama Hindu. Maraknya konflik berbasis agama yang kerap berujung pada kekerasan, krisis moral, dan kerusakan sosial mendorong perhatian terhadap peran pendidikan, khususnya pendidikan Islam, dalam mencegah dan meredam eskalasi konflik.
Penelitian ini merupakan penelitian kualitatif deskriptif dengan teknik pengumpulan data primer melalui wawancara dan observasi terhadap Mudirul Ma’had, pengurus, guru, santri, tokoh masyarakat Desa Meliling, serta Kepala Desa Meliling. Data sekunder diperoleh dari literatur dan dokumen. Analisis data dilakukan secara kualitatif menggunakan metode Bogdan dan Biklen, yang mencakup pengelolaan, pengorganisasian, penyaringan, sintesis, serta identifikasi pola dan temuan utama untuk menyusun deskripsi yang sistematis.
Hasil dari penelitian menyimpulkan bahwa metode bil hikmah dalam membentuk ukhuwah wathaniyah antar-umat beragama di Pondok Pesantren Bali Bina Insani, berdasarkan: pendekatan kebijaksana; dengan menghormati mayoritas Hindu, membuka kerjasama dengan masyarakat, dan mengajarkan wawasan toleransi kepada santri, pendekatan persuasif; melalui marosim dan doa bersama untuk menanamkan disiplin, nilai moral, dan mengajarkan pentingnya belajar dari berbagai latar belakang agama, keteladanan; ditunjukkan berdasarkan sikap adil, inklusif, ramah, dan toleran oleh guru kepada semua santri tanpa membeda-bedakan latar belakang, serta, menjungjung tinggi sikap saling menghormati; melalui menghargai guru lintas agama, pembelajaran kitab kuning menggunakan Bahasa Bali. Berdasarkan kalimat diatas ditunjukan oleh adanya 1) kerukunan antar-umat beragama tercermin dalam toleransi saat ibadah, gotong royong lintas agama, dan pelibatan warga Hindu dalam kegiatan pesantren. Santri juga diajarkan menghargai perbedaan serta bekerja sama dalam aspek sosial, keagamaan, dan ekonomi, 2) sikap toleransi, di Pondok Pesantren Bali Bina Insani diwujudkan dengan menghormati hari raya umat Hindu, menjaga ketenangan saat Nyepi, memberikan kebebasan guru Hindu menjalankan ibadah, dan kepedulian sosial dengan hadir dalam momen-momen penting seperti kematian atau pernikahan warga sekitar. 3) anti kekerasan, santri diajarkan untuk menghindari konflik dan menyelesaikan masalah secara damai dengan sikap mengalah dan menghormati. Melalui kegiatan penyuluhan moderasi beragama dan acara-acara kebangsaan yang langsung dari polisi setempat, 4) penerimaan tradisi lokal, melalui partisipasi dalam tradisi megibung, pemasangan penjor, serta penghormatan terhadap budaya Bali. Santri dan masyarakat saling menghargai perbedaan, terlibat dalam kegiatan budaya lokal seperti Tari Bali dan pencak silat, serta menghormati guru dari berbagai agama tanpa diskriminasi.