Distribusi Inverse Gaussian dan Gamma digunakan untuk memodelkan masalah yang berkaitan dengan variabel kontinu positif dan condong ke kanan. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan kinerja model regresi Inverse Gaussian dan Gamma dalam memodelkan persentase stunting di Kabupaten Jepara menggunakan metode Fisher Scoring. Kabupaten Jepara mencatatkan persentase stunting tertinggi mencapai 17 kasus, dengan variasi di beberapa kecamatan. Pemberian ASI Eksklusif, Jumlah Bayi dengan Berat Badan Lahir Rendah (BBLR), Penyakit Infeksi Diare pada Balita, dan Riwayat Ibu Hamil Mendapat Tablet Tambah Darah adalah variabel yang berpengaruh terhadap persentase stunting di Kabupaten Jepara. Estimasi parameter dilakukan dengan menggunakan Maximum Likelihood Estimation (MLE), uji Maximum Likelihood Ratio Test (MLRT) untuk pengujian parameter simultan, dan uji Wald untuk pengujian parameter secara parsial. Hasil analisis regresi menunjukkan bahwa hanya variabel BBLR (X2) yang memiliki pengaruh signifikan terhadap persentase stunting dalam kedua model yang diuji. Setelah melakukan perbandingan, model regresi Inverse Gaussian menunjukkan kinerja yang lebih baik dan lebih efektif dalam memprediksi faktor-faktor yang memengaruhi persentase stunting. Model regresi Inverse Gaussian yang dihasilkan adalah µˆi = exp(1, 22907 + 0, 12628Xi2), yang dapat digunakan untuk memprediksi stunting di Kabupaten Jepara.