Durio merupakan salah satu genus dalam famili Malvaceae sebagai tumbuhan tropis asli Indonesia. Persebaran Durio di Indonesia diantaranya 19 jenis di Kalimantan, 14 jenis di Malaya, 7 jenis di Sumatra, dan 1 jenis masing-masing di Jawa, Bali, Sulawesi, dan Maluku. Kebun Raya Bogor sebagai lembaga konservasi ex-situ berperan melestarikan keanekaragaman tanaman serta melindungi dari ancaman kepunahan. Identifikasi molekuler genus Durio penting dilakukan karena kurangnya kelengkapan karakter morfologi, hal ini berhubungan dengan umur fisiologis tanaman. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi Durio sp. koleksi KRB menggunakan metode DNA barcoding. Internal Transcribed Spacer (ITS) adalah gen penanda pada tanaman yang mampu mengidentifikasi hingga tingkat spesies. Analisis melibatkan 3 sampel Durio yaitu XIX.F.88, XVI.H.74, dan XVI.H.70. Model parameter Kimura-2 dan metode Maximum likelihood digunakan dalam rekonstruksi pohon filogenetik. Hasil analisis menunjukkan sampel XIX.F.88 spesies D. zibethinus, sampel XVI.H.74 spesies D. graveolens dan hubungan kekerabatan dengan D. dulcis, sampel XVI.H.70 spesies D. lanceolatus dan hubungan kekerabatan dengan D. acutifolius. Diharapkan hasil penelitian ini dapat menjadi sumber referensi dan data pendukung.