Buah merah (Pandanus conoideus Lam.) adalah salah satu tanaman endemik Papua dengan variasi kultivar yang tinggi. Teknologi DNA barcoding digunakan untuk menjaga keragaman genetik dalam upaya konservasi genetik. Gen matK dipilih sebagai barcode karena memiliki variasi yang tinggi dibandingkan dengan gen lain pada genom kloroplas tanaman, sehingga efektif untuk identifikasi dan verifikasi tanaman. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan karakteristik sekuens DNA dan analisis filogenetik berdasarkan gen penanda matK dari Wizard® Genomic DNA Purification Kit (PROMEGA). Proses PCR dilakukan sebanyak 35 siklus, dan hasilnya divisualisasikan kultivar buah merah yang berasal dari Timika dan Nabire. Isolasi DNA pada sampel dilakukan dengan mengikuti prosedur teknik manual melalui elektroforesis. Produk PCR kemudian disekuensing di First Base (1st Base) Malaysia. Analisis data dilakukan dengan menggunakan software Molecular Evolutionary Genetics Analysis 11 (MEGA 11). Proses aligment dilakukan menggunakan ClustalW dan data dianalisis lebih lanjut menggunakan Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) yang tersedia di situs web National Center for Biotechnology Information (NCBI). Pohon filogenetik direkontruksi menggunakan metode UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Average) dan perhitungan jarak evolusi dihitung dengan menggunakan Tamura 3-parameter dengan bootstrap replications 1000. Kedua sampel kultivar (P. conoideus Lam.) asal Timika dan Nabire menunjukkan kemiripan yang tinggi 99%. Dapat disimpulkan bahwa keduanya merupakan spesies yang sama dan berkerabat dekat.