Penelitian ini dilatar belakangi oleh menurunnya nili-nilai spiritual pada generasi muda akibat perkembangan zaman dan teknologi. Pondok pesantren Al-Ma’rufiyyah Semarang hadir sebagai lembaga keislaman yang konsisten menyelenggarakan pengajian kitab kuning yang masih eksis sampai sekarang guna membentuk kecerdasan spiritual santri. Untuk mencapai tujuan tersebut, diperlukan manajemen pengajian kitab kuning yang efektif, mulai dari perencanaan, pelaksanaan hingga evaluasi.
Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif, dengan teknik pengumpulan data berupa wawancara, observasi dan dokumentasi. Kemudian untuk mengecek keabsahan data diuji melalui triangulasi sumber dan teknik. Hasil penelitian menunjukan bahwa: (1) Manajemen pengajian kitab kuning di pondok pesantren Al-Ma’rufiyyah semarang meliputi perencanaan yang dilakukan setiap awal tahun ajaran baru. Meliputi pemilihan kitab yang akan dikaji, penentuan ustadz sesuai keilmuan serta penyusunan yang terstruktur. Pelaksanaan dilakukan rutian setiap hari pada waktu-waktu tertentu (setelah sholat subuh, dhuha, maghrib dan isya’) dengan durasi pengajian selama satu jam untuk satu kitab, dengan menggunakan metode bandongan dan musyawarah. Evaluasi dilakukan menjelang kelulusan santri melalui ujian seperti baca kitab kuning, Al-Qur’an, dziba’an, tahlil dan manaqib.
(2) Pengajian kitab kuning berperan penting dalam membentuk kecerdasan spiritual santri, yaitu dalam membentuk pribadi yang sabar, ikhlas, bertanggung jawab serta memilki tujuan hidup yang bermakna dan berorientasi pada nilai-nilai ketuhanan. Peran ini tercermin dari isi kitab yang sarat dengan nilai-nilai ruhani, metode pembelajaran yang melibatkan intelektual dan emosional santri serta suasana pondok yang religius. Penelitian ini diharapkan menjadi referensi bagi pengelola pesantren dalam mengoptimalkan pengelolaan pengajian kitab kuning serta menjadi motivasi bagi santri untuk terus mengembangkan kecerdasan spiritual di tengah arus modernisasi.