Manajemen peserta didik berbasis segregasi gender merupakan bentuk pengelolaan yang dilakukan dengan memisahkan peserta didik berdasarkan jenis kelamin dalam kegiatan pembelajaran maupun non-pembelajaran. Manajemen peserta didik ini diterapkan untuk menciptakan lingkungan pendidikan yang lebih kondusif dan religius sesuai dengan nilai-nilai keislaman. Latar belakang diterapkannya segregasi gender tidak terlepas dari fenomena kemerosotan moral remaja, salah satunya ditunjukkan oleh data yang mencatat bahwa 15,87% remaja telah menikah pada usia 10 tahun ke atas, yang mencerminkan tingginya angka pernikahan dini. Hal ini sering dikaitkan dengan kurangnya penanaman karakter religius pada remaja, sehingga mereka tidak memiliki landasan moral dan spiritual yang kuat dalam mengambil keputusan. Oleh karena itu, manajemen peserta didik berbasis segregasi gender di MAN 1 Tegal dipilih sebagai langkah preventif dan edukatif untuk memperkuat pembinaan karakter religius siswa. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif dengan teknik pengumpulan data melalui wawancara, observasi, dan dokumentasi. Analisis data dilakukan melalui tahapan Reduksi data, penyajian data, dan penarikan kesimpulan, dengan uji keabsahan dilakukan menggunakan triangulasi teknik dan sumber.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa: 1) Manajemen peserta didik di MAN 1 Tegal dilaksanakan secara sistematis, mulai dari tahap perencanaan, rekrutmen, seleksi, orientasi, pembinaan, hingga evaluasi, dengan menerapkan manajemen peserta didik berbasis segregasi gender pada setiap tahap. Pemisahan ini tidak hanya diterapkan secara administratif, tetapi juga dalam proses pembinaan karakter melalui layanan inti. 2) Implementasi manajemen peserta didik berbasis segregasi gender berkontribusi positif terhadap pembentukan karakter religius peserta didik, yang mencakup tiga aspek utama: (a) hubungan dengan Tuhan, diimplementasikan melalui kegiatan pembiasaan spiritual seperti tadarus Al-Qur’an, pembacaan Asmaul Husna, dan Hadis Arbain sebelum pembelajaran dimulai.; (b) hubungan sosial, diwujudkan melalui pemisahan kelas yang mendorong siswa menjaga adab pergaulan sesuai ajaran Islam, serta memperkuat budaya saling mengingatkan dalam kebaikan, dan (c) hubungan dengan alam sekitar, diimplementasikan melalui kegiatan kebersihan masjid, penggalangan dana, serta program sosial lainnya yang menumbuhkan tanggung jawab siswa terhadap lingkungan. Saran dari penelitian ini mencakup optimalisasi penerapan manajemen peserta didik berbasis segregasi gender di seluruh aspek layanan madrasah, penguatan peran guru dalam pembinaan karakter religius melalui keteladanan dan bimbingan, serta perlunya penelitian lanjutan yang mengkaji dampak segregasi gender dari berbagai aspek dan konteks lembaga pendidikan lainnya.