Sikap intoleransi terhadap perbedaan agama dapat dipengaruhi oleh materi pembelajaran yang diajarkan di pondok pesantren. Dalam kitab al-Muhadhdhab Seorang Muslim dilarang mengucapkan salam (al salam 'alaikum) kepada nonmuslim dan hendaknya mereka memojokkan nonmuslim jika bertemu di jalan yang sama. Dalam Kitab Tauhid atau Aqidah yang diajarkan di pondok pesantren Modern Darussalam Gontor dijelaskan bahwa tidak diperbolehkan mengikuti perayaan agama lain, termasuk didalamnya mendatangi perayaan ulang tahun, menggunakan tanggalan Masehi, Takziyah atau berbelasungkawa kepada orang nonmuslim termasuk mengucapkan salam atau sekedar memberikan jalan lewat ketika berpapasan ditengah jalan. Dalam kitab Al-Mahalli yang diajarkan di pondok pesantren Lirboyo, Hidayatul Mubtadiien, bagi seorang nonmuslim yang tinggal menjadi minoritas di daerah Muslim maka haruslah membayar Jizyah (pajak keamanan), dilarang merenovasi tempat ibadah agama selain agama Islam dan larangan untuk meninggikan bangunan diatas bangunan orang Muslim. Larangan mengendarai tunggangan/alat transportasi mewah dan haruslah disempitkan jalanya ketika lewat.
Pendidikan sebagai sarana efektif untuk menyebarkan nilai-nilai yang positif dan memberikan pengaruh besar terhadap efektifitas hukum dalam melakukan perubahan sosial. Oleh karenanya beragama secara Moderat merupakan nilai yang dibutuhkan untuk menjadi solusi di tengah keragaman.
Penulis menggunakan metode analisis kepustakaan dan field research untuk praktik moderasi beragama di dalam pondok pesantren secara kualitatif. Analisis interaktif melalui kurikulum yang ada di pondok pesantren dan pisau heurmeunetis untuk mengetahui nilai-nilai moderasi beragama yang dikembangkan di pondok pesantren salaf Hidayatul Mubtadiien Lirboyo dan pondok pesantren Modern Darussalam modern Gontor sekaligus praktik implementasinya.
Konsep moderasi beragama dalam kitab-kitab yang diajarkan di pondok pesantren Hidayatul Mubtadiien Lirboyo bebasis kepada pemahaman bahwa Islam memiliki konsep yang universal dalam kaitanya rahmatan lil alamin untuk memahamkan konsep imam Asyathibi dalam kitab Muwafaqaat dan kitab Fiqhul Muwathonah sesuai dengan dasar filosofi ajaran Islam (maqashid asy-syari'ah). Praktik moderasi Islam yang di bingkai dengan keserba-ibadahan, kemandirian, dan juga kesederhanaan yang bersumber dari penafsiran al-Qur’ān, hadīth, dan hasil interpretasi para ulama/kyai pondok pesantren selain melalui buku ajar atau kurikulumnya.
Sedangkan konsep beragama secara moderat tidak banyak terdapat dalam kitab kurikulumnya melainkan peraturan yang tertulis sebagaimana dari pendiri pondok pesantren modern Dasrussalam Gontor. Karakter pesantren pancajiwa, yaitu: 1) keikhlasan; 2) kesederhanaan; 3) kemandirian; 4) ukhuwwah islamiyah; dan 5) kebebasan. Pendidikan beragama secara moderat di pondok pesantren modern juga tercermin dari kegiatan dan peraturan terikat keseharian santri.