Pondok pesantren adalah lembaga pendidikan kebangsaan (pendidikan nasional), disamping lembaga pendidikan Islam. Oleh karena itu pondok-pondok pesantren harus berusaha dinamis, menyesuaikan diri dengan situasi dan kondisi dalam rangka peningkatan kualitas sekaligus ikhtiar agar tetap eksis, sebagai benteng Islam. Pondok pesantren Futuhiyyah adalah salah satunya. Dalam pengkaderan untuk menjadikan ulama’ dan menjadikan pemimpin umat Islam, pesantren ini juga memilki Thoriqoh Qodariyyah wa Naqsabandiyyah dengan adanya bai’at serta tawajjuh sebagai aktifitas yang rutin. Di dalam pesantren Futuhiyyah jarang sekali adanya pergaulan dengan agama lain, karena di masyarakat Mranggen mayoritas beragama Islam. Di pesantren Futuhiyyah, para santri mempunyai pandangan yang berbeda-beda dalam menyikapi agama lain, pastinya dari beberapa santri mempunyai tanggapan yang positif dan negatif terhadap agama non Islam.
Pondok pesantren Futuhiyyah juga diajarkan tentang pluralisme dan toleransi yang mana di dunia pesantren mereka sebut faham Ahlusunnah Waljama’ah (aswaja). Beberapa hal pokok dari hal sosial model pesantren antara lain : (1) Tawasuth (tidak memihak), (2) Tawazun (menjaga keseimbangan dan harmonitas), (3), Tasamuh (Toleransi), (4) I’tdal (adil), (5) Tasywur (musyawarah). dimana pada zaman sekarang ini perlu adanya sifat pluralisme dan toleransi terhadap agama-agama yang ada di Indonesia ini.
Dan apa bila orang non muslim berbuat baik kepada orang muslim, maka wajib bagi orang muslim tersebut berbuat baik dan berbuat adil kepada orang non muslim.
Allah tidak melarang kamu untuk berbuat baik dan berlaku adil terhadap orang-orang yang tiada memerangimu Karena agama dan tidak (pula) mengusir kamu dari negerimu. Sesungguhnya Allah menyukai orang-orang yang berlaku adil.
Dan bagi tiap-tiap umat ada kiblatnya (sendiri) yang ia menghadap kepadanya. Maka berlomba-lombalah (dalam membuat) kebaikan. di mana saja kamu berada pasti Allah akan mengumpulkan kamu sekalian (pada hari kiamat). Sesungguhnya Allah Maha Kuasa atas segala sesuatu.
Dari sinilah para santri memandang bahwa agama itu mempunyai kaum atau pengikut sendiri-sendiri, yang mana didalam agama terdapat larangan dan perintah-Nya menurut norma agamanya masing-masing, maka sikap para santri dalam menyikapi agama lain adalah dengan cara berbuat baik terhadap agama lain, Sedangkan Islam itu sendiri adalah agama yang membawa misi rahmatan lil’alamin Oleh karena itu ajarannya banyak yang toleran atau penuh dengan tenggang rasa mendorong kebebasan berfikir serta menyerukan persaudaraan, saling bantu dan saling memperhatikan kepentingan masing-masing dan saling cinta kasih antara sesama manusia.