Dalam pemikiran Abdul Munir Mulkhan pergeseran atau dinamika politik santri akan sangat ditentukan oleh dua hal yakni bahasan tentang teologi politik santri dan pemahaman terhadap konsep kekuasaan dalam pandangan santri. Dalam konteks ini, teologi politik santri dimaksudkan untuk menunjukkan satu argumen teologis tentang kerja-kerja politik yang dilakukan oleh para santri. Teologi politik di Indonesia berkaitan dengan tema “pembebasan”. Pembebasan di sini dimaksudkan sebagai upaya pembebasan seluruh manusia dari kesulitan dan hambatan merealisaikan dirinya sebagai muslim dalam suatu tata kehidupan sosial Islami sebagai prasyarat tercapainya keadilan dan persamaan hak untuk mencapai tujuan akhir yakni diterimanya penyerahan kepada “Sang Pencipta” atau mardhotillah dan kebahagiaan dalam hidup duniawi dan ukhrawi. Sementara bahasan tentang konsep kekuasaan dalam konsep santri selalu bermula dari upaya legitimasi terhadap prilaku politiknya. Dalam konteks ini, pemikiran Abdul Munir Mulkhan tentang konsep kekuasaan direpresentasikan dalam satu legitimasi teologis penerimaan umat Islam terhadap Pancasila sebagai dasar negara. Dasar legitimasi (politik) yang ditawarkan Munir sebenarnya sangat terkait era dimana ia menawarkan gagasan tersebut yakni orde baru. Karenanya kebanyakan warna gagasannya sangat bercorak orde baru. Oleh karena itu, banyak dari idenya tersebut yang kurang relevan jika diterapkan pada masa sekarang.