Permasalahan skripsi ini adalah bagaimana kelebihan dan kekurangan terapi Ruqyah di Pondok Ruqyah Center Kalinyamat Jepara? Bagaimana relevansi metode Ruqyah di era modern? Jenis penelitiannya adalah penelitian studi kasus. Sumber datanya meliputi data primer adalah data yang diperoleh langsung dari sumbernya, diamati, dan dicatat yang diperoleh dari responden melalui wawancara yang diajukan kepada responden guna memperoleh data. Data sekunder adalah data yang digunakan dalam penelitian ini berasal dari Pondok Ruqyah Center Jepara dan Perpustakaan Masjid Diponegoro. Data yang akan digunakan dalam penelitian ini sebagian besar berupa data sekunder dengan didukung oleh data-data primer. Adapun metode pengumpulan data di antaranya: metode observasi non partisipan, dan wawancara. Untuk menganalisa data yang ada, penulis menggunakan analisis deskriptif kualitatif yaitu menganalisa data dengan menggambarkan data apa adanya kemudian menganalisisnya.
Hasil pembahasan menunjukkan bahwa Ruqyah sebagai alternatif pengobatan kejiwaan di Pondok Ruqyah Center Kalinyamat di Jepara mempunyai kelebihan dan kekurangan. Kelebihannya dari sisi medis tidak mempunyai efek samping. Pengobatan tersebut tidak menggunakan sarana-sarana yang biasa digunakan dalam medis seperti operasi dengan menggunakan benda tajam sejenis pisau, gunting atau alat-alat lainnya yang berhubungan dengan operasi sebagaimana dilakukan dalam medis. Pengobatan Ruqyah yang ditempuh di pondok pesantren tersebut hanya memohon kepada Allah dengan melalui pengobatan spiritual, kemudian dilakukan pembersihan atau penyucian diri pada pasien yang hendak diRuqyah. Dari sisi syar'i praktek pengobatan di Pondok Ruqyah Center Kalinyamat Jepara tidak bertentangan dengan akidah umat Islam karena pasien hanya dimohon menggantungkan harapan kepada Tuhan, selain itu praktek Ruqyah tidak menggunakan kekuatan jin apalagi setan. Hal lain yang menarik dari praktek pengobatan Ruqyah di Pondok Ruqyah Center Kalinyamat di Jepara yaitu biaya pengobatan relatif murah. Peneliti melihat di antara kekurangan yang paling dominan yaitu untuk kasus medis itu tidak serta merta bisa sembuh. Demikian pula kasus depresi berat kadang-kadang tidak sembuh.
Dalam hubungannya dengan praktek Ruqyah di Pondok Ruqyah Center Kalinyamat Jepara jika ditinjau dari kondisi modern saat ini, bahwa pengobatan Ruqyah di Pondok Rukyah Center Kalinyamat Jepara sangat dibutuhkan masyarakat karena banyak orang yang mengalami krisis kerohanian. Pergeseran nilai pandangan manusia yang makin materialistis dan individualistis, mulai dirasakan dampaknya yaitu munculnya individu-individu yang gelisah, gundah gulana, rasa sepi yang tak beralasan bahkan sampai pada tingkat keinginan untuk bunuh diri. Keadaan ini tentunya sudah menyangkut pada aspek kesehatan jiwa manusia dalam mengarungi kehidupan yang makin kompleks. Mulailah manusia melirik praktek pengobatan rukyah. Dengan demikian praktek pengobatan rukyah relevan dengan era modern.