Ikan Kekel (Glyptothorax platypogon) adalah salah satu jenis ikan endemik di Perairan Jawa yang berpotensi sebagai ikan hias air tawar yang bernilai ekonomis. Ikan ini perlu dilindungi dari ancaman kepunahan karena dikhawatirkan akan terjadi penurunan populasinya di alam. G. platypogon dilaporkan terdapat di Sungai Serayu Banjarnegara dan berdasarkan observasi pra riset dijumpai di Sungai Ringin Semarang Jawa Tengah. Perbedaan letak Geografis kedua Sungai tersebut berpotensi terhadap munculnya variasi morfologi G. platypogon. Penelitian tentang studi morfologi ikan Kekel (G. platypogon) dari kedua Sungai tersebut telah dilakukan. Penelitian ini bertujuan untuk mendeskripsikan Morfologi dan variasi morfologi serta memberikan informasi tentang hubungan kekerabatan fenetik ikan G. Platypogon dari Sungai Serayu Banjarnegara dan Sungai Ringin Semarang. Pengambilan sampel dilakukan di Sungai Serayu stasiun 1 dan stasiun 2 serta Sungai Ringin dengan metode observasi dan koleksi langsung di Lapangan kemudian dilanjutkan di Laboratorium Struktur jurusan Biologi UIN Walisongo Semarang untuk karakterisasi morfologi meliputi karakter morfometrik dan meristik mencakup 43 karakter. Analisis data dilakukan dengan menggunakan uji Kruskall Wallis, Mann Whitney U test ,PCA (Principal Component Analysis), dan UPGMA (Unweighted Pair Group Method Aritmatic Average). Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat variasi morfologi yang tinggi pada populasi Allopatrik di Sungai Serayu dan Sungai Ringin, dan terdapat variasi morfologi yang rendah pada populasi simpatrik antara sungai serayu stasiun 1 dan stasiun 2. Terdapat dua kelompok percabangan klad taksa yaitu dari populasi sungai Serayu dan Sungai Ringin yang menunjukkan adanya variasi morfologi. Analisis UPGMA dan jarak Euclidean menunjukkan populasi Sungai Serayu dan Sungai Ringin memiliki hubungan kekerabatan yang dekat.