Pengorganisasian atau al-thanzim dalam pandangan Islam bukan semata-mata merupakan wadah, akan tetapi lebih menekankan bagaimana pekerjaan dapat dilakukan secara rapi, teratur dan sistematis. Dengan pengorganisasian, pemerincian kegiatan-kegiatan dakwah menjadi tugas-tugas terperinci akan memudahkan pula bagi pendistribusian tugas-tugas tersebut pada para pelaksana. Pendistribusian tugas-tugas dakwah ini kepada masing-masing pelaksana, menyebabkan mereka mengetahui dengan tepat sumbangan apakah yang harus diberikannya dalam rangka penyelenggaraan dakwah itu. Kejelasan masing-masing terhadap tugas pekerjaan yang harus dilakukan, dapatlah meminimalisir timbulnya salah pengertian, kekacauan, duplikasi, kekosongan (vakum), dan lain sebagainya. Sehingga dapat memudahkan pimpinan dalam mengendalikan dan mengevaluasi dakwah. Adapun rumusan masalah dalam penelitian ini (1) apa saja program dakwah yang ada di yayasan masjid menara dan makam Sunan Kudus (YM3SK)? (2) bagaimana penerapan fungsi pengorganisasian dakwah yayasan masjid menara dan makam Sunan Kudus (YM3SK). Tujuan Penelitian dalam skripsi ini adalah Untuk mengetahui program dakwah yang ada di yayasan masjid menara dan makam Sunan Kudus dan untuk mengetahui bagaimana penerapan fungsi pengorganisasian dakwah yayasan masjid menara dan makam Sunan Kudus (YM3SK). Jenis penelitian yang digunakan dalam penulisan skripsi ini adalah penelitian kualitatif. Adapun sumber data yang digunakan yaitu sumber data primer dan sumber data sekunder. Teknik pengumpulan data yang digunakan penulis yaitu, obeservasi, wawancara/interview, dan dokumentasi. Adapun metode analisis yang digunakan oleh peneliti adalah analisis kualitatif deskriptif, yang bertujuan untuk menggambarkan atau melukiskan secara sistematis .Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa program dakwah yayasan masjid menara dan makam Sunan Kudus (YM3SK) terdiri dari pengajian tafsir Al-Qur’an, pengajian kitab, pengajian dialogis. Tidak hanya pengajian saja di yayasan masjid menara dan makam Sunan Kudus (YM3SK) juga melakukan kegiatan dakwah melalui seni dan budaya seperti, budaya seperti sholawatan, kasidah al-barzanji, terbangan kolosal, pembukaan luwur, dandangan, dan kirab banyu panguripan. Selain itu, ada dakwah melalui kegiatan sosial seperti, khitanan masal, santunan anak yatim, pembagian shodaqoh,dll. Adapun penerapan fungsi pengorganisasian dakwah yayasan masjid menara dan makam Sunan Kudus (YM3SK) antara lain yaitu: pertama, membagi-bagi dan menggolong-golongkan tindakan-tindakan dakwah dalam kesatuan tertentu. yaitu dengan cara membagi menjadi tiga bidang antara lain bidang dakwah, bidang sosial dan bidang seni dan budaya. Kedua, menentukan dan merumuskan tugas masing-masing serta menempatkan pelaksana atau da’i untuk melaksanakan tugas tersebut. ada pembagian tugas kepada pengurus yayasan masjid menara dan makam Sunan Kudus sendiri. Ketiga, memberikan wewenang kepada masing-masing pelaksana. Semua pengurus yayasan masjid menara dan makam Sunan Kudus (YM3SK) mempunyai wewenang sesuai dengan bidangnya masing-masing di bawah pengawasan dari ketua. Keempat, menetapkan jalinan hubungan. Yaitu dengan cara, selalu berkomunikasi satu sama lain.