Keberadaan tafsir ilmi masih menjadi perdebatan panjang di kalangan mufassir. Dalam menghadapi kasus pertentangan tafsir ilmi seputar relasi al-Qur’an dan ilmu pengetahuan yang dinamis, maka penulis merasa penting untuk membawa pembahasan ini dalam kajian epistemologi. Al-Qur’an mendorong umat islam untuk melakukan aktivitas ilmiah, salah satunya yaitu dengan merenungkan ayat tentang diciptakannya hewan dalam hal ini tentang lebah. Penciptaan manusia sebagai tanda kekuasaan Allah telah banyak diapresiasi sedangkan penciptaan hewan sebagai tanda kekuasaan Allah belum banyak diapresiasi.
Pokok masalah dalam penelitian ini adalah tentang penafsiran lebah dalam tafsir ilmi kemenag, sumber dan metode yang digunakan dalam tafsir ilmi kemenag, dan validitas penafsiran dari tafsir ilmi kemenag.
Penelitian ini menggunakan metode penelitian kualitatif dengan jenis penelitian kepustakaan (library research). Metode pengumpulan data dilakukan dengan cara mempelajari dan mengutip teori-teori atau konsep-konsep dari sejumlah literatur baik dalam bentuk kitab, buku maupun jurnal lainnya yang relevan dengan topik penelitian. Analisis data dalam penelitian ini menggunakan analisis model Milles dan Hubbermas, yaitu dengan reduksi data, display data, dan konklusi. Dengan menelusuri dan mendeskripsikan data-data yang ada dalam Tafsir Ilmi Kemenag, hasil dari klasifikasi tersebut dianalisis dengan teknik penulisan deskriptif dan memberikan penafsiran serta kesimpulan tehadap hasil analisis.
Hasil dari penelitian ini adalah: 1) Penafsiran kemenag terhadap QS. An-Nahl: 68 yaitu Allah mengilhamkan atau memberi petunjuk kepada lebah agar membuat sarang atau rumah di gunung-gunung, di pohon-pohon, dan tempat yang dibangun manusia. Penafsiran ayat 69 yaitu Allah mengilhamkan atau memberikan isyarat ilmiah lainnya kepada lebah cara yang mudah dan efisien untuk menemukan dan memanfaatkan nektar dari ladang bunga yang baik. Bentuk ilhamnya yaitu berkomunikasi dengan sesama lebah melalui gerakan-gerakan yang dapat dimengerti yang dikenal dengan sistem tarian lebah. Tafsir ini memuat teori dan penemuan ilmiah tentang lebah, yang mencakup perikehidupan lebah, tarian lebah, sistem komunikasi pada lebah, produk yang dihasilkan lebah dan domestikasi lebah. 2) Epistemologi tafsir ayat lebah dalam tafsir ilmi kemenag yaitu: sumber penafsiran ayat lebah dalam tafsir ilmi kemenag adalah teks (al-Qur’an dan hadis), akal (ijtihad), dan realitas (fakta-fakta ilmiah dan ilmu pengetahuan) yang telah mapan. Metode dan pendekatan yang digunakan adalah metode maudhu’i (tematik). Validitas kebenaran tafsir ilmi kemenag terhadap penafsiran ayat lebah dapat diukur dengan ketiga teori kebenaran, yaitu: a) Teori koherensi, berdasarkan teori ini tafsir ilmi Kemenag dalam beberapa kasus, menunjukkan bahwa tidak semua prinsip-prinsip penafsiran yang dibangun tim penyusun digunakan dalam penafsiran tersebut. b) Teori korespondensi, ada kesesuaian antara hasil penafsiran dengan fakta dan teori ilmiah yang dianggap telah mapan. Penafsiran tentang ayat lebah sesuai dengan teori dan penemuan ilmiah tentang lebah. c) Teori pragmatis, secara praktis tafsir ilmi Kemenag memiliki relevansi terhadap kondisi masyarakat Indonesia, karena Indonesia memiliki potensi kealaman yang tropis sehingga cocok untuk mengembangkan usaha dalam dunia perlebahan. Tafsir Ilmi Kemenag juga menyarankan umat islam untuk mengonsumsi madu setiap hari untuk suplemen dan sebagai pengganti obat dari beberapa penyakit.