Sebagai salah satu cendekiawan Muslim di Indonesia yang mempelopori konsep imtaq (iman taqwa) dan iptek (ilmu pengetahuan teknologi) dalam pendidikan Islam ialah Bachruddin Jusuf Habibie. Peneliti berusaha menggali secara komprehensif untuk mengetahui pemikirannya mengenai integrasi imtaq dan iptek beserta impilkasinya dalam pengembangan pendidikan Islam di Indonesia. Sehingga, lahir pertanyaan penelitian ini diantaranya: (1) Bagaimana konsep integerasi imtaq dan iptek menurut Bachruddin Jusuf Habibie? (2) Bagaimana implikasi konsep integrasi imtaq dan iptek menurut Bachruddin Jusuf Habibie dalam sistem pendidikan Islam di Indonesia.
Metode penelitian ini menggunakan metdeologi studi tokoh dengan jenis penelitian kepustakaan (libary research). Sumber data primer yang berasal dari buku–buku karangan BJ Habibie yang memiliki kaitan dengan integrasi imtaq dan iptek serta dokumentasi dalam bentuk tayangan video beliau. Sedangkan, sumber data sekunder berasal dari buku-buku yang memiliki keterkaitan dengan topik penelitian. Analisa data yang digunakan adalah metode kesinambungan historis dan kohernsi intern.
Berdasarkan hasil penelitian ini menyimpulkan bahwa Bachruddin Jusuf Habibie merupakan teknokrat, akademisi, dan cendekiawan Muslim. Konsep dam gagasan beliau mengenai perlu adanya integrasi antara imtaq dan iptek dalam lembaga pendidikan Islam untuk menjawab ketertinggalan umat Islam di bidang sains dan teknologi, namun tetap memiliki pondasi iman dan takwa yang kuat. Menurut Habibie imtaq merupakan sinergi positif elemen budaya dan elemen agama dari proses pembudayaan di keluarga. Sementara Iptek ialah hasil dari proses pendidikan yang ditempu oleh manusia. Proses pendidikan yang memadukan imtaq dan iptek akan melahirkan manusia yang mampu berfikir analitis, sistematis, mendalam dan jangka panjang. Hasilnya akan lahir ilmu pengetahuan. Ilmu pengetahuan nantinya melahirkan teknologi. Kedua dimensi tersebut harus disinergikan untuk membentuk manusia unggul. Berdasarkan pemikirannya tersebut ketika beliau menjabat sebagai Menteri Riset dan Teknologi (Menristek) & Badan Penerapan dan Pengkajian Teknologi (BPPT) mendesain lembaga pendidikan Islam bernama ‘Magnet School’ atau sekarang yang dikenal MAN Insan Cendekia. Pengembangan lembaga pendidikan Islam MAN Insan Cendekia telah memberikan banyak perubahan terutama dalam bidang sains. Melalui komposisi kurikulum 25 % Agama dan 75% sains dan teknologi dengan sistem boarding school menjadikan MAN Insan Cendekia sebagai madrasah favorit dengan melahirkan berbagai lulusan yang kompeten dengan berbagai prestasi ditingkat lokal, nasional dan internasional.
Hasil penelitian ini memberikan saran bahwa lembaga pendidikan Islam hendaknya perlu memadukan dimensi imtaq dan iptek dalam pelaksanaan proses pembelajaran dan menerapkan sistem asrama (boarding school). Sehingga, lembaga pendidikan Islam selalu dibutuhkan oleh umat Islam untuk mengejar ketertinggalan di bidang teknologi dan sains. Dengan demikian eksistensi madrasah tidak akan kalah dibandingkan dengan sekolah umum.