Ikan merupakan sumber makanan yang berasal dari laut dan di dalam daging ikan terdapat kandungan gizi yang cukup tinggi. Kandungan gizi yang dimiliki ikan diantaranya omega 3, mineral, vitamin, dan protein. Kerusakan yang disebabkan oleh turunnya kualitas daging biasanya karena munculnya mikroorganisme atau bakteri. Bakteri patogen yang menyebabkan kontaminasi makanan yaitu bakteri Salmonella sp. Penelitian ini memiliki tujuan untuk menghitung Angka Lempeng Total (ALT) dan ada atau tidaknya cemaran yang disebabkan oleh bakteri Salmonella sp sebagai salah satu indikator keamanan pada daging ikan tongkol (Euthynnus affnis) yang diperjualbelikan di pasar tradisional dan pasar modern Kota Semarang. Penelitian ini menggunakan 6 sampel yang berasal dari 3 pasar tradisional dan 3 pasar modern dengan metode purposive sampling. Hasil pengujian untuk uji Total Plate Count (TPC) dari keenam sampel semuanya tidak memenuhi syarat karena hasil hitungannya melebihi Standar Nasional Indonesia yaitu 1 x 105 cfu/gr. Sedangkan untuk uji Salmonella sp dari keenam sampel semuanya dinyatakan hasil negatif.