Wabah COVID-19 merubah sistem pendidikan di Indonesia baik dari perencanaan dan pelaksanaan Pembelajaran yang seharusnya dilaksanakan tatap muka beralih menjadi pembelajaran jarak jauh berbasis e-learning. Madrasah ‘Aliyah (MA) merupakan sekolah menengah atas yang melaksanakan pembelajaran jarak jauh. Pembelajaran yang dilaksanakan memiliki keterbatasan waktu yang singkat. Sehingga, antara perencanaan pembelajaran yang disusun dengan kegiatan yang dilakukan kurang sesuai. Melalui pembelajaran Biologi Guru dihadapkan oleh tantangan besar dalam mencetak generasi yang memiliki kekuatan spiritual keagamaan, moral, kecerdasan, dan akhlak mulia. Berdasarkan pernyataan di atas, maka dilakukan penelitian ini yang bertujuan untuk menganalisis pelaksanaan pembelajaran Biologi menggunakan pendekatan saintifik yang mengintegrasikan nilai Islam dengan sistem jarak jauh di MA Kota Semarang. Jenis penelitian kualitatif observatif. Setting penelitian dilakukan di lima MA Kota Semarang yang terdiri dari dua MA Negeri dan tiga MA Swasta. Sumber data primer guru Biologi kelas X sedangkan sumber data sekunder adalah dokumen RPP. Teknik pengambilan data menggunakan observasi, kuesioner dan wawancara. Analisis data yang digunakan adalah deskriptif persentase. Hasil penelitian menunjukkan pelaksanaan pembelajaran Biologi menggunakan pendekatan saintifik yang mengintegrasikan nilai Islam dengan sistem jarak jauh Di MA Kota Semarang menunjukkan rata-rata 85% dalam kategori sangat baik. Keterlaksanaan pendekatan saintifik menunjukkan kategori tinggi pada kegiatan mengamati dan menanya, sedangkan metode penyampaian integrasi yang digunakan guru adalah persuasi dan nasihat.