Wabah Covid-19 memberikan dampak cukup besar terhadap berbagai bidang di Indonesia, termasuk bidang pendidikan. Sistem pembelajaran daring dianggap efektif sebagai solusi untuk menghadapi pandemi dalam dunia pendidikan. Akan tetapi, ketidaksiapan menyebabkan munculnya berbagai problem pembelajaran. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis pelaksanaan proses pembelajaran biologi daring kelas XI SMA Negeri Kota Jepara, menganalisis problem yang dialami siswa saat pembelajaran biologi daring, menganalisis faktor yang menyebabkan terjadinya problem tersebut, dan menganalisis solusi untuk mengatasi problem tersebut. Metode yang digunakan adalah mix methods dengan desain sequential exploratory. Sampel penelitian ini adalah siswa dan guru kelas XI MIPA di SMA Negeri Kota Jepara. Pengambilan sampel menggunakan teknik probability sampling dengan simple random sampling. Instrumen pengambilan data menggunakan lembar wawancara dan lembar angket kombinasi. Teknik analisis data menggunakan analisis metode kualitatif dan analisis metode kuantitatif. Analisis metode kualitatif digunakan pada data wawancara melalui analisis model Miles dan Huberman. Sementara analisis metode kuantitatif digunakan pada data angket melalui diagram persentase yang kemudian dianalisis secara deskriptif. Data penelitian diperoleh dari jawaban 5 guru yang diwawancara tentang pelaksanaan proses pembelajaran biologi daring, dan dari 270 siswa yang mengisi angket tentang problem pembelajaran biologi daring. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pelaksanaan proses pembelajaran biologi daring kelas XI SMA Negeri Kota Jepara antara sekolah satu dengan yang lain bervariasi, baik dalam pemberian materi dan media yang digunakan. Secara umum, guru telah melakukan pembelajaran yang melibatkan siswa untuk aktif, yaitu menggunakan metode diskusi. Dalam pembelajaran biologi daring, hampir 100% siswa mencapai KKM. Dilaksanakannya pembelajaran biologi daring menyebabkan 100% siswa kelas XI SMA Negeri Kota Jepara mengalami problem. Problem yang paling banyak dialami siswa adalah merasa jenuh saat pembelajaran (94,44%). Problem yang paling sedikit dialami siswa adalah pembelajaran biologi daring menambah pengeluaran keuangan orang tua (40,37%).