Sekolah merupakan komunitas yang kompleks. Organisasi sekolah tidak lepas dari berbagai permasalahan, salah satunya adalah permasalahan yang berkaitan dengan internal organisasi. Bentuk permasalahan berupa sikap-sikap yang menyebabkan terganggunya pembelajaran yang pada akhirnya menghambat kemajuan sekolah.
Metodologi yang dipakai dalam penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif dengan analisis deskriptif. Data-data penelitian digali dengan menggunakan teknik observasi, wawancara dan dokumentasi. Untuk mendapatkan data-data yang diinginkan penulis lebih banyak menggunakan wawancara dengan menggunakan instrumen interview kepada warga sekolah yang relevan dengan penelitian.
Setelah data-data terkumpul dari 7 SMA Negeri dan 7 SMA Swasta yang ada di Kabupaten Wonosobo, maka penulis melakukan pemilihan-pemilihan data yang diperlukan. Selanjutnya dilakukan interpretasi dan analisa deskriptif menggunakan teori manajemen konflik dan penyelesaiannya.
Hasil penelitian menunjukan bahwa permasalahan internal yang sering muncul dikalangan siswa meliputi kedisiplinan yang rendah, motivasi dan strategi belajar, pergaulan siswa yang kurang terkontrol. Permasalahan yang sering muncul dikalangan guru lebih banyak menyangkut strategi mengajar kepada siswa. Penyebab permasalahan yang muncul dikalangan guru dan karyawan meliputi kedisiplinan, strategi mengajar dan beban hidup. Peneliti menemukan bahwa beban hidup dapat menyebabkan permasalahan guru terutama guru-guru yang bernaung di sekolah swasta. Pada sekolah swasta, permasalahan pengelolaan sumber daya sekolah masih sering muncul antara sekolah dengan yayasan.
Pola penyelesaian masalah yang dilakukan sekolah terhadap permasalahan siswa meliputi sanksi disiplin, pembinaan, peryataan sikap. Penyelesaian permasalahan dikalangan guru dengan pembinaan Kepala Sekolah dengan gaya kompromi dan gaya kolaborasi. Jika sekolah mempunyai masalah dengan masyarakat maka jalan pertemuan (negoisasi) lebih banyak digunakan.