Pelaksanaan pembelajaran biologi secara daring memiliki banyak kendala yang dialami siswa. Kendala yang dialami siswa menyebabkan kurangnya semangat yang dapat mempengaruhi motivasi belajar siswa. Penelitian ini menggunakan metode penelitian campuran (mixed method). Analisis kualitatif menggunakan analisis model Miles dan Huberman, sedangkan analisis kuantitatif menggunakan analisis deskriptif sederhana. Pengumpulan data melalui angket/kuesioner, wawancara, dan dokumentasi. Pengambilan sampel menggunakan teknik purposive sampling dengan mempertimbangkan jurusan yang terdapat di tiap sekolah dan letak geografis sekolah yang berada di Kecamatan Kebumen. Sampel yang diambil yaitu MAN 1 Kebumen, MAN 2 Kebumen, MA Salafiyah Wonoyoso, dan MA-PK Ma’arif 1 Kebumen. Berdasarkan hasil penelitian diketahui bahwa motivasi belajar siswa kelas XI MA di Kecamatan Kebumen dikategorikan tinggi dengan rata-rata 69,6%, hal ini dilatarbelakangi oleh dorongan dari dalam diri siswa maupun dukungan dari orang disekitar, sehingga siswa memiliki keinginan berhasil yang tinggi meskipun dalam situasi 5pembelajaran daring.