Homalomena pexa merupakan tumbuhan spesies baru yang ditemukan dan dideskripsikan pada awal tahun 2020. Penelitian molekuler mengenai karakterisasi DNA H. pexa penting untuk dilakukan karena hingga saat ini keberadaanya hanya dilaporkan dari Tapanuli Selatan. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi sekuen ITS H. pexa dan mengetahui posisinya dalam sebuah pohon filogenetik famili Araceae. Penelitian dilakukan pada bulan Januari-Februari 2021. Sampel H. pexa diambil dari rumah kaca Laboratorium Treub Kebun Raya Bogor. Tahapan penelitian yang dilakukan terdiri dari pengambilan sampel, penggerusan sampel, ekstraksi DNA, proses PCR, elektroforesis, visualisasi hasil elektroforesis, sekuensing DNA, dan analisis data hasil sekuensing. Hasil karakterisasi sekuen ITS H. pexa memiliki panjang 1040 bp dengan persentase komposisi basa nukleotida T:13, 55 %, C: 35,40%, A: 16, 50%, G: 34, 53%. Pohon filogenetik yang dikonstruksi menggunakan metode Neighbor Joining menunjukkan bahwa H. pexa mengelompok dengan Homalomena atrox dan Homalomena humilis nilai boostrap 91%.