Jurusan perbandingan Agama merupakan disiplin ilmu yang di perkenalkan oleh Mukti Ali, dengan bertujuan untuk mendalami keyakinan keagamaan dengan mengetahui AgamaAgama lain. Sesuai dengan masyarakat Indonesia yang multicultural dari segi Agama, Budaya, Ras, dan Bahasa. Jurusan Perbandingan Agama berkeinginan menumbuhkan mengambil bagian dalam meningkatkan kerukunan, ketentraman, keharmonisan, dan perdamaian yang di landasi dengan sikap saling memahami dan menghargai berbedaan dalam kehidupan. Munculnya jurusan Perbandingan Agama tahun 1961di kampus IAIN Sunan Kalijaga sekarang (UIN) tidak hanya untuk perdamaian. Pasca Orde Baru tumbang berganti reformasi ruang kebebasan terbuka sangat luas sehingga tidak ada kontrol dan kedewasaan diri pada masyarakat maka konflik terjadi dimana-mana baik konflik keagamaan dengan muncul partai berbasis agama seperti PKS, PAN, PBB dll, yang menjadikan konflik yang diatas namakan Agama. Jurusan Studi Agama-Agama nomenklatur pergantian nama dari Perbandingan Agama bahwa untuk menghilangkan stigma di masyarakat bahwa agama di perbandingkan dan secara ilmiah kata Studi Agama-Agama sudah cocok dengan apa yang diajarkan. Desain kurikulum Studi Agama-Agama merupakan perkembangan dari Perbandingan Agama sebagai corak perdamaian. Metode penelitian yang digunakan dalam penelitian ini adalah penelitian kualitatif dengan menggunakan pendekatan kepustakaan (library research). Sumber data berasal dari data primer yang diperoleh melalui naskah studi Agama-Agama, Naskah Akademik 2017, Naskah Akademik 2020 Studi Agama-Agama. Data sekunder yang berupa Jurnal, Buku, Naskah Dokumen Studi Agama-Agama, Dokumen Himpunan Mahasiswa Jurusan.
Hasil dari penelitian ini menunjukan bahwa pertama, desain kurikulum yang menekankan Resolusi Konflik di Studi Agama-Agama sangatlah Relefan dengan perkembangan konflik-konflik baru yang terjadi di era sekarang bahwa konflik berdasarkan Keagamaan, keyakinan, dan munculnya gerakan radikalisme terorisme yang terjadi di masyarakat. Kedua, bahwa mahasiswa Studi Agama-Agama sebagai agen resolusi konflik dan perdamaian bisa memahami fenomena-fenomena dalam perkembangan konflik yang ada di Indonesia dengan memahami religious studies sebagai model pembelajaran yang ilmiah benarbenar menghayati sebuah agama terhadap pemeluknya, dan ini menjadi publikasi pemahaman terhadap masyarakat.