Materi metabolisme sel dan substansi genetik dalam mata pelajaran biologi kelas XII semester satu merupakan materi yang sulit dipahami oleh sebagian siswa. Pembelajaran materi tersebut dibutuhkan pendekatan kontekstual dan integrasi nilai Islam agar siswa mampu mengaitkan konsep materi dalam kehidupan nyata dengan penanaman karakter religius sehingga pembelajaran lebih bermakna. Penelitian ini berfokus pada pengembangan e-modul materi metabolisme sel dan substansi genetik berbasis pendekatan kontekstual terintegrasi nilai Islam menggunakan linktree. Metode penelitian yang diaplikasikan adalah research and development dengan model pengembangan ADDIE (Analyze, Design, Development, Implementation, Evaluation) menurut Branch (2009). E-modul yang dikembangkan mendapatkan validasi dari ahli materi sebesar 91%, ahli metodologi pembelajaran sebesar 80,5%, ahli integrasi nilai Islam sebesar 87%, guru biologi sebesar 95% dan telah diuji dalam skala kecil menghasilkan validitas sebesar 83%. Secara keseluruhan, validitas e-modul yang dikembangkan mendapatkan persentase 87,6 % termasuk kategori sangat layak. E-modul ini dapat dimanfaatkan sebagai bahan ajar yang sangat layak dalam pembelajaran biologi materi metabolisme sel dan substansi genetik.