Pembahasan berbagai problem pembelajaran Pendidikan Agama Islam selama pandemi banyak dibicarakan, namun belum banyak membicarakan problem penguasan materi pembelajaran PAI. Tujuan penelitian ini untuk menganalisis problem penguasaan siswa dalam materi Pendidikan Agama Islam di masa pandemi Covid-19. Analisis mencakup: deskripsi problem penguasaan materi siswa, faktor-faktor pemicu problem, dan implikasinya terhadap ketuntasan kurikulum dan kualitas kompetensi. Penelitian kualitatif ini bersandar pada data wawancara dan dokumentasi. Partisipan riset melibatkan 30 siswa dan 6 guru SDI Luqman al-Hakim, SDN Model Terpadu, dan SDN Sobontoro I Bojonegoro. Hasil penelitian menunjukkan bahwa problem penguasaan siswa pada materi Pendidikan Agama Islam di masa Pandemi berupa rendahnya pemahaman aspek kognitif, kurang terjangkaunya aspek afektif dan aspek psikomorik. Bersamaan dengan itu, faktor-faktor penyebab munculnya problem penguasaan siswa pada materi PAI mencakup: faktor psikologis, lingkungan sosial dan lingkungan non sosial. Sejalan dengan itu, problem penguasaan siswa pada materi PAI tersebut berdampak pada problem ketuntasan kurikulum dan kualitas kompetensi siswa. Hasil penelitian ini merekomendasikan pentingnya dukungan infrastruktur lembaga, guru dan orangtua di rumah.