Penelitian ini bermula dari ditemukannya muṣḥaf Al-Qur’an di masjid Ainul Yaqin desa Giri, Kecamatan Kebomas, Kabupaten Gresik, Provinsi Jawa Timur. Setelah melewati beberapa perpindahan manuskrip tersebut disimpan di Museum Sunan Giri Gresik. Melalui dari beberapa tinjuan lantas dijuluki “manuskrip muṣḥaf Al-Qur’an masjid Ainul Yaqin Sunan Giri.” Peneliti menitikberatkan pada dua rumusan masalah, yakni terkait bagaimana tinjauan umum kodikologi penulisan manuskrip muṣḥaf Al-Qur’an Masjid Ainul Yaqin Sunan Giri, serta segala aspek yang berkaitan dengan tekstologi dalam manuskrip. Berlandaskan kajian kodikologi pada manuskrip muṣḥaf ini, penelitian ini termasuk dalam penelitian kualitatif berbasiss pada field research, dengan memakai teknik analisis deskriptif.
Berdasarkan dari penelitian yang telah dilaksanakan, yakni menghasilkan dua kesimpulan. Pertama dari segi kodikologi, manuskrip ini ditulis menggunakan kertas Eropa, dengan watermark yang berbentuk lions terdapat tulisan PRO PATRIA EENDRAGHT MAAKT MAGHT, serta Countermark yang berupa tulisan VDL. Adapun manuskrip berukuran sepanjang 36 cm, lebar 21 cm, ukuran tulisan dengan panjang 22 cm, dan lebar 13 cm, jumlah 15 baris perhalaman, serta mempunyai kurang lebih 22 qurash, ditulis menggunakan tinta berwarna hitam dan merah, serta jenis tulisan menggunakan Khat Naskhi. Iluminasi yang terdapat pada manuskrip ini yakni diantaranya, iluminasi surah al-kahfi, iluminasi medalion, iluminasi bunga melati, iluminasi bunga khas Bali. Adapun aspek tekstologi dari
manuskrip ini, diantaranya perihal rasm yang digunakan adalah rasm usmani dan rasm imla’i. Perihal scholia yang terdiri atas tanda maqra’, tanda juz, kata alihan, dan scholia keterangan fadhilah surat. Kemudian aspek Qira’at yang digunakan pada manuskrip ini ditemukan adanya inkonsisten ( tidak konsisten ) pada satu Imam qira’at saja, akan tetapi memang lebih dominan terhadap qira’at Imam ‘Ashim riwayat Hafsh, selebihnya yakni menggunakan qira’at yang digunakan imam qira’at yang lain, khususnya dari bacaan Jumhur ‘Ulama Qira’at. Pada
manuskrip ini ditemukan adanya beberapa Corrupt ( kesalahan penulisan ), yakni berupa kesalahan dalam menulis kalimat, kata, huruf maupun harakat.