Kesulitan belajar adalah keadaan dimana siswa tidak dapat belajar sebagaimana mestinya yang disebabkan hambatan atau gangguan tertentu dalam proses pembelajaran, sehingga siswa tidak dapat mencapai hasil belajar yang diharapkan. Tujuan penelitian ini adalah untuk menjelaskan kesulitan-kesulitan belajar yang dialami siswa, mengidentifikasi faktor-faktor penyebab kesulitan belajar, dan mengetahui usaha-usaha yang dilakukan guru untuk mengatasi kesulitan belajar siswa pada mata pelajaran biologi pokok bahasan jaringan tumbuhan kelas XI di MA Subhanah Subah. Penelitian ini menggunakan pendekatan deskriptif kualitatif. Subjek penelitian ini adalah siswa kelas XI MIPA, Guru Biologi, Waka Kurikulum dan Kepala Sekolah. Sampel di ambil menggunakan purposive sampling, yaitu siswa yang memiliki nilai ulangan dibawah KKM sebanyak 8 dari 17 siswa kelas XI MIPA. Metode pengumpulan data yang digunakan adalah dengan wawancara, observasi dan dokumentasi. Hasil penelitian diketahui bahwa siswa–siswi kelas XI MA Subhanah Subah mengalami kesulitan belajar materi Jaringan Tumbuhan antara lain kesulitan dalam penggunaan nama ilmiah, banyak hafalan dan banyaknya materi yang dipelajari. Adapun faktor-faktor penyebab kesulitan belajar siswa yaitu faktor internal dan faktor eksternal. Faktor internal meliputi minat belajar, motivasi belajar, kesehatan dan kebiasaan belajar siswa. Faktor eksternal meliputi lingkungan sekolah, lingkungan keluarga dan lingkungan masyarakat. Faktor sekolah yang berpengaruh terhadap kesulitan belajar siswa adalah penggunaan metode dan media yang kurang mampu memotivasi siswa, sarana dan prasarana yang kurang memadai, suasana lingkungan sekolah yang kurang menyenangkan, serta kedisiplinan yang kurang. Faktor keluarga yang mempengaruhi kesulitan belajar siswa yaitu kondisi ekonomi keluarga, sarana dan prasarana belajar di rumah yang kurang memadai, serta suasana belajar di rumah yang kurang kondusif. Faktor masyarakat yang paling berpengaruh pada kesulitan belajar siswa adalah teman bermain. Usaha yang dilakukan guru untuk mengatasi kesulitan belajar siswa adalah pendekatan individu dan pemberian tugas tambahan.