Sejak Desember 2019, dunia menghadapi wabah yang kemudian dikenal dengan pandemi COVID-19. Adanya wabah tersebut menyebabkan perubahan di beberapa aspek kehidupan seluruh dunia, termasuk aspek pendidikan. Pembelajaran diubah dari tatap muka menjadi online sebagai upaya dalam memutus rantai penyebaran virus COVID-19. Perubahan tersebut mengakibatkan tejadinya beberapa kendala salah satunya pada mata pelajaran biologi, dimana kegiatan praktikum mengalami pemangkasan jumlah bahkan ditiadakan. Di sisi lain, biologi merupakan ilmu alam yang mencakup kegiatan pengamatan langsung mencakup aspek afektif, kognitif dan psikomotorik yang sejalan dengan isi kurikulum 2013. Hal tersebut juga sama dengan aspek yang ada pada keterampilan proses sains siswa. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui apakah ada perbedaan keterampilan proses sains antara siswa MA Negeri dan MA Swasta, untuk mengetahui apakah ada perbedaan keterampilan proses sains siswa dengan kemampuan akademik berbeda, untuk mengetahui apakah ada perbedaan keterampilan proses sains siswa MA Negeri dan Swasta dengan kemampuan akademik berbeda pada pembelajaran biologi di masa pandemi dan juga untuk menjelaskan perbedaan keterampilan proses siswa MA Negeri dan Swasta dengan kemampuan akademik berbeda pada pembelajaran biologi di masa pandemi. Metode penelitian yang dilakukan yakni kuantitatif dengan teknik analisis data menggunakan uji normalitas, homogenitas dan anava dua jalur. Hasil penelitian yang pertama yaitu tidak terdapat perbedaan yang signifikan antara keterampilan proses sains MA Negeri dan MA Swasta dengan nilai signifikansi sebesar 0,750. Hasil penelitian kedua menunjukkan terdapat perbedaan yang signifikan pada hasil nilai keterampilan proses sains siswa dengan kemampuan akademik berbeda dengan nilai signifikansi sebesar 0,000. Dan hasil penelitian ketiga menunjukkan tidak terdapat perbedaan antara keterampilan proses sains siswa MA Negeri dan Swasta dengan kemampuan akademik berbeda dengan nilai signifikansi sebesar 0,53.