Berapa banyak arah kiblat masjid-masjid di Indonesia ini kurang tepat menghadap ke arah Ka’bah. Hal ini bisa dibuktikan oleh Totok Roesmanto dengan tulisannya tentang “Kiblat” dalam kolom “Kalang” harian Suara Merdeka edisi Minggu tanggal 01 Juni 2003 yang menyebutkan bahwa Masjid al-Aqsha Menara Kudus memiliki sumbu bangunan 25º dari barat ke utara. Padahal arah kiblat yang seharusnya bagi masjid tersebut dari perhitungannya dengan metode Azimuth Kiblat 24º 21’ 39” B-U. Tulisan Ahmad Izzuddin dalam Kolom Suara Merdeka menyatakan bahwa perlu mengadakan pelurusan arah kiblat mengingat banyak masjid-masjid yang melenceng dari arah yang seharusnya. Dari situlah penulis melakukan penelitian di Masjid al-Aqsha Menara Kudus sebagai respon positif terhadap fenomena tersebut untuk mengungkap metode apa yang digunakan pada saat masjid tersebut serta faktor-faktor apa yang menyebabkan ketidak-akurasian arah kiblatnya. Dalam penelitian ini penulis mengguanakan field research dengan metode pengumpulan data berupa pengamatan secara langsung yakni obesrvasi lapangan, wawancara dan dokumentasi. setelah data terkumpul metode yang digunakan untuk analisa data dengan menggunakan tehnik analisis komparatif.
Metode penentuan arah kiblat Masjid al-Aqsha Menara Kudus yang menggunakan posisi bintang Polaris berbeda jika dibandingkan metode terkini. Hal itu bisa dibandingkan dengan metode penentuan arah kiblat yang mutakhir yakni metode azimuth kiblat dan rasd al-kiblat / bayang-bayang matahari dengan menggunakan peralatan falak baik yang sederhana maupun modern bisa ditentukan berapa azimuth kiblat atau sudut yang menunjukkan arah kiblat dan kapan bayang-bayang suatu benda yang tegak lurus terhadap bumi yang terkena sinar matahari menunjukkan arah kiblat Masjid al-Aqsha Menara Kudus ini. Dari hasil perhitungan arah kiblat Masjid al-Aqsha Menara Kudus dengan metode azimuth kiblat dan rashdul kiblat, penulis menemukan perbedaan yang sangat signifikan antara arah kiblat yang ada pada masjid tersebut dengan arah kiblat yang seharusnya yang dilakukan oleh penulis diperoleh selisih (kemelencengan) dengan kiblat seharusnya yaitu ( 24º 21’ 39” - 10º 40’ 14.32”” = 13º 41’ 24.18”).
Penyebab Ketidak-akurasian kiblat Masjid al-Aqsha Menara Kudus disebabkan oleh kesalahan pada metode pengukuran dan kurangnya pemahaman terhadap persoalan arah kiblat sehinga diperlukan adanya pengukuran ulang.