Perkembangan lembaga madrasah swasta di kabupaten kudus memiliki tantangan tersendiri untuk terus secara mandiri meningkatkan kualitas pendidikan melalui peran kepala madrasah maupun iklim organisasi. Penelitian ini bertujuan: 1) Untuk mengetahui seberapa besar pengaruh kepemimpinan transformasional terhadap mutu pendidikan; 2) Untuk mengetahui seberapa besar pengaruh iklim organisasi terhadap mutu pendidikan; dan 3) Untuk mengetahui seberapa besar pengaruh kepemimpinan transformasional dan iklim organisasi secara bersama-sama terhadap mutu pendidikan.
Pada penelitian ini menggunakan field research dengan metode experimen methode, dengan pendekatan kuantitatif. Data yang digunakan berasal dari 5 (lima) madrasah aliyyah swasta kudus yang ditetapkan sebagai sampel secara random.
Hasil analisis data penelitian menunjukkan bahwa: 1) terdapat pengaruh secara signifikan antara kepemimpinan transformasional terhadap mutu pendidikan dengan nilai persamaan regresi Ŷ= 73,9 + 0,122x dan hasil Uji t yang menunjukkan thitung 12,22 > ttabel 1,645 dengan taraf signifikansi 5%, yang berarti signifikan. 2) terdapat pengaruh secara signifikan antara iklim organisasi terhadap mutu pendidikan dengan nilai persamaan regresi Ŷ = 80,11+ 0,042x dan hasil Uji t yang menunjukkan thitung 3,705 > ttabel 1,645 dengan taraf signifikansi 5%, yang berarti signifikan.; dan 3) terdapat pengaruh secara signifikan antara kepemimpinan transformasional dan iklim organisasi secara bersama-sama terhadap mutu pendidikan dengan nilai pada persamaan regresi ganda Ŷ= 72,31 + 0,119 X1 + 0,033 X2,
dan hasil Uji F yang menunjukkan Fhitung 90,574 > Ftabel 3,90 dengan taraf signifikansi 5% yang berarti signifikan.
Dari hasil penelitian ini disarankan pihak madrasah untuk; 1) meningkatkan penerapan kepemimpinan transformasional dengan memberikan sumbangsih pengetahuan dan kemampuan untuk mendorong kemajuan guru secara intruksional; 2) memperbaiki iklim organisasi agar dapat positif dan mendorong peningkatan mutu pendidikan; 3) meningkatkan mutu pendidikan madrasah dengan memperhatikan faktor-faktor lain yang dapat berpengaruh sesuai dengan karakteristik madrasah.