Materi Vertebrata membutuhkan media pembelajaran yang menarik dan efektif untuk mencapai hasil belajar yang maksimal. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui analisis hasil belajar kognitif siswa menggunakan media wayang pada materi vertebrata di SMA Negeri 1 Boja. Penelitian ini dilaksanakan di SMA Negeri 1 Boja pada siswa kelas X MIPA. Penelitian ini merupakan penelitian kualitatif deskriptif menggunakan Purposive Sampling (Non Probability Sampling). Instrumen yang digunakan adalah 10 soal pre-test dan 10 soal post-test. Hasil penelitian dengan menggunakan Uji Ancova menunjukkan bahwa tidak adanya perbedaan yang signifikan menggunakan media wayang dan media gambar terhadap hasil belajar kognitif siswa. Besar signifikansi menggunakan uji Ancova sebesar 0,011 %.