Biologi merupakan ilmu pengetahuan dengan konsep yang bersifat abstrak sehingga memungkinkan terjadinya miskonsepsi pada pemahaman siswa. Miskonsepsi ini dapat mempengaruhi capaian hasil belajar siswa jika dibiarkan begitu saja, sehingga diperlukan analisis lebih jauh mengenai miskonsepsi siswa khususnya pada materi klasifikasi makhluk hidup. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis tingkat miskonsepsi siswa menggunakan metode Tes Diagnostik Four-tier pada materi klasifikasi makhluk hidup kelas X Ilmu Sosial MA Mazraatul Ulum Paciran Lamongan dan faktor penyebabnya. Jenis penelitian ini adalah kuantitatif deskriptif dimana sampel yang digunakan dalam penelitian adalah 35 siswa dari kelas X Ilmu Sosial 1, pengambilan sampel dilakukan dengan teknik purposive sampling. Teknik pengumpulan data yang digunakan dengan wawancara dan tes. Hasil penelitian menunjukkan bahwa tingkat miskonsepsi siswa yang terjadi pada klasifikasi makhluk hidup tergolong sedang dengan persentase sebesar 59,7%. Adapun faktor internal penyebab terjadinya miskonsepsi meliputi kemampuan kognitif, prakonsepsi, dan minat belajar siswa. Sedangkan faktor eksternal penyebab miskonsepsi meliputi metode, media dan pendekatan serta sumber belajar yang digunakan selama pembelajaran. Manfaat penelitian ini berguna untuk siswa, guru, sekolah dan peneliti dalam meminimalisir terjadinya miskonsepsi siswa pada proses pembelajaran yang dilaksanakan di kelas.