Keterampilan Proses Sains (KPS) merupakan keterampilan yang dibutuhkan pada abad 21. Inkuiri salah satu model pembelajaran yang dapat digunakan oleh pendidik dalam melakukan kegiatan pembelajaran. Pendidik dapat menggunakan model ini dengan menggunakan metode praktikum. Pembelajaran biologi di sekolah keagamaaan masih belum memberikan nilai spiritual kepada siswa dikarenakan guru masih kesulitan dalam mengintegrasikan agama dengan materi pelajaran. Tujuan dari penelitian ini untuk mengetahui kelayakan petunjuk praktikum yang dikembangkan sehingga diharapkan dapat membantu siswa dalam menguasai konsep IPA dan KPS pada pembelajaran abad 21. Penelitian yang dilakukan termasuk pada penelitian pengembangan dengan menggunakan model pengembangan Analysis, Design, Development, Implementation, dan Evaluation (ADDIE). Teknik pengambilan data yaitu berdasarkan wawancara, observasi, dan angket. Penelitian dilakukan di MAN Kendal dengan subjek penelitian kelas 15 siswa kelas X-MIPA 6 MAN Kendal dengan menggunakan teknik purposive sampling. Hasil penelitian diketahui dari nilai uji kelayakan oleh ahli materi sebesar 73,75%, ahli media sebesar 82,5%, ahli metodologi pembelajaran dan KPS sebesar 93%, ahli integrasi nilai Islam sebesar 92,5%, respon guru biologi sebesar 71,87%, dan respon siswa skala kecil sebesar 91,25%. Petunjuk praktikum yang dikembangkan sangat layak digunakan sebagai bahan ajar bagi siswa dan guru dalam Kegiatan Belajar Mengajar (KBM).