Identifikasi koleksi Ficus sp. di Kebun Raya Bogor berdasarkan ciri morfologi dan molekuler menggunakan region internal transcribed spacer (ITS)

Chotimah, Chusnul (2023) Identifikasi koleksi Ficus sp. di Kebun Raya Bogor berdasarkan ciri morfologi dan molekuler menggunakan region internal transcribed spacer (ITS). Undergraduate (S1) thesis, Universitas Islam Negeri Walisongo Semarang.

[thumbnail of Skripsi_1908016057_Chusnul_Chotimah] Text (Skripsi_1908016057_Chusnul_Chotimah)
Skripsi_1908016057_Chusnul_Chotimah.pdf - Accepted Version
Available under License Creative Commons Attribution Non-commercial No Derivatives.

Download (4MB)

Abstract

Ficus merupakan tanaman evergreen (berdaun sepanjang tahun) dengan buah (sikonium) yang cukup melimpah sehingga dikenal dapat menjaga kelestarian satwa liar karena merupakan pakan dan penyedia habitat dari berbagai jenis satwa. Meningkatnya luas kebakaran hutan dan lahan di Indonesia dari tahun ke tahun menjadikan upaya konservasi tumbuhan penting dilakukan untuk menjaga kelestarian tumbuhan di Indonesia. Identifikasi koleksi Kebun Raya Bogor (KRB) penting dilakukan mengingat perannya sebagai lembaga konservasi dan sebagai referensi dunia. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi Ficus sp. koleksi KRB asal Sulawesi hingga tingkat jenis melalui pendekatan morfologi dan molekuler. Penelitian ini dilakukan dari bulan Januari 2022 - Maret 2023. Tahapan penelitian terdiri dari pengambilan sampel, pembuatan herbarium, isolasi DNA, amplifikasi, elektroforesis dan analisis data. Analisis data dilakukan dengan merekonstruksi pohon filogenetik menggunakan metode Maximum Parsimony (MP) dengan algoritma Subtree-Pruning-Regrafting (SPR). Ficus sp. dan hasil spesies yang diduga selanjutnya dilakukan penyejajaran menggunakan MultAlin untuk mengetahui letak nukleotida yang berbeda antara kedua sekuen. Hasil penelitian menunjukkan, pendekatan secara morfologi hanya dapat mengidentifikasi Ficus sp. hingga tingkat subgenus yaitu subg. Urostigma karena karakter organ vegetatif yang tumpang tindih serta ketiadaan organ generatif sampel. Pendekatan secara molekuler menggunakan region ITS berhasil mengidentifikasi Ficus sp. sebagai Ficus subcordata dengan nilai kemiripan sebesar 97,92%, nilai bootstrap sebesar 96% dan nilai jarak genetik sebesar 0,014.

ABSTRACT:
Ficus is an evergreen plant (leaving all year round) with fruit (sikonium) which is quite abundant so it is known to be able to preserve wildlife because it is a food and habitat provider for various types of animals. The increasing area of forest and land fires in Indonesia from year to year makes plant conservation efforts important to maintain the sustainability of plants in Indonesia. Identification of the Bogor Botanical Gardens (BBG) collection is important given ITS role as a conservation organization and as a world reference. This study aims to identify Ficus sp. BBG collection from Sulawesi to species level through morphological and molecular approaches. This research was conducted from January 2022 to March 2023. The stages of the research consisted of sampling, making herbarium, DNA isolation, amplification, electrophoresis and data analysis. Data analysis was performed by reconstructing the phylogenetic tree using the Maximum Parsimony (MP) method with the Subtree-Pruning-Regrafting (SPR) algorithm. Ficus sp. and the results of the suspected species were then aligned using MultAlin to determine the location of the different nucleotides between the two sequences.The results showed that the morphological approach could only identify Ficus sp. to the subgenus level, namely subg. Urostigma due to the overlapping characters of the vegetative organs and the absence of sample generative organs. A molecular approach using the ITS region succeeded in identifying Ficus sp. as Ficus subcordata with a similarity value of 97,92%, a bootstrap value of 96%, and genetic distance value of 0,014.

Item Type: Thesis (Undergraduate (S1))
Uncontrolled Keywords: Ficus sp.; Ficus subcordata; Identifikasi; ITS; Maximum Parsimony; Morfologi; Molekuler; Kebun Raya Bogor
Subjects: 500 Natural sciences and mathematics > 580 Plants > 582 Plants noted for specific vegetative characteristics and flowers
Divisions: Fakultas Sains dan Teknologi > 46201 - Biologi
Depositing User: Miswan Miswan
Date Deposited: 23 Oct 2023 09:59
Last Modified: 23 Oct 2023 09:59
URI: https://eprints.walisongo.ac.id/id/eprint/21888

Actions (login required)

View Item
View Item

Downloads

Downloads per month over past year

View more statistics