Kebhinnekaan agama di Indonesia rentan terhadap konflik apabila tidak dibarengi dengan pendidikan toleransi beragama baik di masyarakat maupun institusi pendidikan. Berangkat dari masalah ini, penulis melakukan penelitian tentang bagaimana pendidikan toleransi beragama di SMP Kanisius Raden Patah, yang notabene merupakan sekolah bercirikhas keagamaan Katolik dengan peserta didik yang beragam, yakni muslim 60%, Kristen 21%, dan Katolik 19%. Penelitian ini bertujuan untuk mendeskripsikan peran sekolah dalam memberikan pendidikan toleransi beragama yang ditinjau dalam 3 aspek, yakni konsep pendidikan toleransi beragama, praktik toleransi beragama, serta kegiatan keagamaan yang ada di SMP Kanisius Raden Patah. Penelitian ini merupakan penelitian lapangan dengan pendekatan kualitatif deskriptif. Pengumpulan data dilakukan dengan observasi, wawancara, dan dokumentasi. Subjek penelitian ini meliputi kepala sekolah, wakil kepala kesiswaan, guru pendidikan agama, serta perwakilan peserta didik dari masing-masing agama. Teknik analisis data penelitian ini dilakukan dengan tahapan pengumpulan data, reduksi data, penyajian data, serta verifikasi atau penarikan kesimpulan.
Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa; 1) Konsep pendidikan toleransi beragama di SMP Kanisius Raden Patah adalah menjunjung tinggi toleransi antar umat beragama dengan bersatu, berbaur, berkolaborasi, berkomunikasi, dan bersinergi tanpa melihat latar belakang agama masing-masing. Serta menyadari bahwasanya dengan kerukunan perbedaan bisa mewujudkan banyak nilai kebaikan. 2) Praktik toleransi beragama di SMP Kanisius Raden Patah diantaranya pendidikan agama berbasis pendidikan religiositas, doa mengawali dan mengakhiri KBM dengan 2 versi, yakni Katolik dan Islam, penutupan kantin dan pengurangan jam belajar saat Ramadhan, kegiatan exemen dan peduli kasih, dekorasi sekolah sesuai event keagamaan, pemberian bantuan tanpa melihat latar belakang agama, dll. 3) Kegiatan keagamaan di sekolah ini dibagi menjadi 3, yakni kegiatan Agama Islam, kegiatan Agama Kristen, dan kegiatan Agama Katolik. Kegiatan Agama Islam diantaranya bina iman Islam, sholat jum’at, penyerahan kurban Idul Adha, bagi-bagi takjil, buka puasa bersama, dan istighosah. Kegiatan Agama Kristen diantaranya bina iman Kristen, perayaan natal, doa bersama sebelum ujian, dan undangan kebaktian. Sedangkan kegiatan keagamaan Katolik antara lain, bina iman Katolik, misa awal tahun pelajaran, perayaan natal, doa bersama sebelum ujian, tugas kor di gereja, dan doa Malaikat Tuhan. Pendidikan toleransi beragama di SMP Kanisius Raden Patah ini merupakan salah satu ihtiyar pengembangan mutu pendidikan agar pendidikan sesuai dengan filosofi Bangsa Indonesia yang berbhinneka tunggal ika.