Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui implementasi KTSP pada pembelajaran PAI di MI NU Miftahut Tholibin Mejobo Kudus dan hambatan-hambatan dalam implementasi KTSP di MI NU Miftahut Tholibin Mejobo Kudus.. Penelitian ini termasuk penelitian lapangan dengan pendekatan kualitatif. Lokasi penelitian ini adalah di MI NU Miftahut Tholibin dengan guru sebagai objek penelitiannya. Pengumpulan data menggunakan observasi, wawancara secara mendalam dan juga dokumentasi. Analisis data menggunakan teknik analisis deskriptif kualitatif dimana peneliti melakukan analisis data terhadap temuan-temuan di lapangan. Dari hasil penelitian di MI NU Miftahut Tholibin Mejobo Kudus dihasilkan bahwa implementasi KTSP pada pembelajaran PAI di MI NU Miftahut Tholibin Mejobo Kudus sangat baik. Karena guru PAI mampu merencanakan, melaksanakan dan mengevaluasi pembelajaran PAI dengan baik sesuai dengan garis-garis besar besar program pembelajaran. Hambatan dalam implementasi KTSP pada pembelajaran PAI di MI NU Miftahut Tholibin Mejobo Kudus adalah kurang adanya kerjasama antara pihak sekolah, Komite Madrasah dan masyarakat serta terbatasnya sarana dan prasarana pembelajaran yang ada.