Penelitian bertujuan untuk mendeskripsikan, mengetahui kelayakan dan pengaruh media pop up book terhadap kemampuan berpikir kritis siswa. Metode penelitian yang digunakan yaitu metode R&D dengan model pengembangan ADDIE (Branch, 1975). Pengembangan pop up book berbasis metode pembelajaran problem based learning yang dilengkapi rubrik ’Did You Know’ untuk membantu melatih kemampuan berpikir kritis peserta didik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa media pop up book layak digunakan sebagai media pembelajaran, dengan hasil validasi ahli materi 74,5% (layak), ahli media 78,2% (layak), guru biologi 92% (sangat layak), respons peserta didik skala terbatas 90,7% dan skala luas 93,2 %. Peningkatan rata-rata nilai posttest yaitu sebesar 17,7% dan hasil uji paired sample test dengan hasil 0,000 < 0,05, maka Ho ditolak dan Ha diterima. Sehingga dapat disimpulkan bahwa media pembelajaran pop up book berbasis problem based learning berpengaruh efektif terhadap peningkatan kemampuan berpikir kritis peserta didik kelas XI pada materi sistem pencernaan.