Pembelajaran Biologi kelas XI masih menerapkan model pembelajaran Teacher Center Learning (TCL) dengan metode ceramah. Tujuan penelitian ini yaitu untuk mengetahhui adanya pengaruh model pembelajaran Problem Based Learning (PBL) terhadap keterampilan kolaborasi dan kemampuan literasi sains siswa pada pembelajaran biologi kelas XI. Adapun jenis penelitian yang digunakan adalah penelitian kuantitatif dengan desain nonequivalent control group design. Pemilihan sampel penelitian ini menggunakan teknik purposive sampling, sampel yang digunakan adalah kelas XI MINAT 2 dan XI MINAT 3, dimana XI MINAT 2 berjumlah 23 siswa dan XI MINAT 3 berjumlah 16 siswa. Data-data penelitian ini dikumpulkan melalui teknik wawancara, observasi, penyebaran angket dan tes serta dokumentasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat pengaruh penerapan model pembelajaran Problem Based Learning (PBL) terhadap keterampilan kolaborasi dan kemampuan literasi sains siswa. Hal ini dibuktikan melalui analisis uji hipotesis anakova keterampilan kolaborasi dan kemampuan literasi sains dengan taraf signifikansi (2-tailed) secara berturut-turut sebesar 0,000 dan 0,002 < 0,05.