Kemukus (Piper cubeba L.f.) termasuk tanaman obat dari genus Piper. Piper lanatum Roxb. mempunyai kemiripan dengan Piper cubeba L.f. secara morfologi. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mendeskripsikan struktur anatomi dan mengidentifikasi senyawa metabolit sekunder untuk membedakan kedua Piper tersebut. Organ yang diamati yaitu batang dan daun. Penelitian ini menggunakan metode kualitatif deskriptif. Data kualitatif yang didapat dianalisis secara deskriptif. Struktur anatomi diamati menggunakan preparat permanen, sedangkan preparat segar digunakan untuk uji histokimia. Perbedaan anatomi daun kedua spesies terdapat pada jumlah lapisan bunga karang, lokasi sklerenkim, bentuk ibu tulang daun, jenis stomata, serta keberadaan sel idioblas besar dan kristal oksalat. Perbedaan anatomi batang kedua spesies dapat dilihat dari susunan kolenkim dan keberadaan trikoma glandular, jumlah sel trikoma non-glandular, dan jumlah kanal lendir. Berdasarkan hasil uji histokimia, daun dan batang kedua spesies mengandung flavonoid, fenol, dan lipofilik.