Tumbuhan keji (Staurogyne elongata (Blume) Kuntze) merupakan tumbuhan obat herbal yang sering dijumpai di pulau Jawa hingga Sumatera. Daun dan akar tumbuhan keji (S. elongata) digunakan masyarakat sebagai obat diuretik dan meningkatkan tekanan darah serta dipercaya dapat mengobati penyakit batu kandung kemih, batu ginjal, dan masalah persendian. Namun, penelitian mengenai metabolit sekunder pada batang dan akar tumbuhan keji belum pernah dilakukan. Tujuan penelitian adalah mengidentifikasi kandungan metabolit sekunder dan senyawa penanda pada batang dan akar tumbuhan keji. Tahapan penelitian yaitu pengeringan dan penyerbukan sampel, ekstraksi, dan analisis menggunakan Gas Chromatography-Mass Spectrometry (GC-MS). Hasil penelitian menunjukkan bahwa senyawa pada batang berjumlah 9 senyawa metabolit sekunder dari golongan fenol, terpenoid, alkohol dan ester. Sedangkan senyawa metabolit sekunder pada akar tumbuhan keji berjumlah 10 senyawa dari benzofuran, 2,3-dihydro, fenol, dan ester. Senyawa penanda pada batang adalah phenol, 2,2'-methylenebis[6-(1,1-dimethylethyl)-4-methyl- sedangkan senyawa penanda pada akar yaitu octadecanoic acid, 2-hydroxy-1-(hydroxymethyl)ethyl ester.