Parijoto (Medinilla speciosa Blume) merupakan tanaman obat yang terkenal di wilayah Pegunungan Muria. Masyarakat Pegunungan Muria mempercayai Parijoto dapat meningkatkan Fertilitas bagi yang sulit mendapatkan keturunan. Olahan Parijoto banyak dijual sebagai oleh-oleh khas Pegunungan Muria karena lekat akan kepercayaan masyarakat tersebut. Desa tempat budidaya Parijoto di Pegunungan Muria diantaranya Desa Colo Kabupaten Kudus dan Desa Tempur Kabupaten Jepara. Belum terdapat penelitian mengenai determinasi Parijoto di Desa Colo Kabupaten Kudus dan Desa Tempur Kabupaten Jepara. Penelitian mengenai variasi genetik dapat memberikan kontribusi dalam konservasi dan pengembangan varietas unggul. Tujuan dari penelitian ini adalah menganalisis karakter morfologi dan molekuler Medinilla speciosa Blume asal Desa Colo Kabupaten Kudus dan Desa Tempur Kabupaten Jepara. Karakter molekuler dianalisis menggunakan metode DNA Barcoding menggunakan penanda molekuler Internal Transcribed Spacer (ITS). Determinasi karakter morfologi menunjukkan sampel Parijoto asal Desa Colo Kabupaten Kudus dan Desa Tempur Kabupaten Jepara memiliki indeks kesamaan karakter yang tinggi dengan nilai koefisien kesamaan karakter sebesar 75%. Determinasi karakter molekuler berdasarkan penanda molekuler ITS adalah sampel Parijoto asal Desa Colo Kabupaten Kudus dan Desa Tempur Kabupaten Jepara memiliki sekuen yang conserved.