Budaya merupakan citra atau kepribadian organisasi. Budaya organisasi yang dimiliki sekolah mempunyai peran penting dalam meningkatkan nilai religius di madrasah. Penelitian fokus terhadap permasalahan: 1) Bagaimana implementasi nilai religius di MTs Negeri 1 Kudus?; 2) Bagaimana budaya organisasi dalam meningkatkan nilai religius di MTs Negeri 1 Kudus?.
Penelitian ini menggunakan analisis kualitatif lapangan, datanya diperoleh dengan wawancara, observasi, dan dokumentasi, serta dianalisis dengan teknik deskriptif. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui seperti apa pengimplementasian nilai religius di MTs Negeri 1 Kudus, dan budaya organisasi dalam meningkatkan nilai religius di MTs Negeri 1 Kudus.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa MTs Negeri 1 Kudus telah mengimplementasikan nilai-nilai religius. Implementasinya berupa: 1) Nilai ibadah, seperti shalat, tadarus al-Qur’an, sedekah, dan lain sebagainya; 2) Nilai jihad, seperti menuntut ilmu; 3) Nilai amanah dan ikhlas; 4) Nilai akhlak dan kedisiplinan, pembisaan senyum, salam, dan salim, nilai kedisiplinan seperti membiasakan tepat waktu; 5) Nilai keteladanan. Adapun budaya organisasi dalam meningkatkan nilai religius di MTs Negeri 1 Kudus adalah 1) Budaya religius, berupa shalat dhuha, tadarus al-Qur’an, dan shalat dzuhur berjamaah; 2) Budaya sopan santun, seperti membiasakan senyum, salam dan salim; 3) Budaya disiplin, seperti membisakan tepat waktu dalam melakukan segala hal; 4) Budaya pesantren kilat, yang dilaksanakan setiap bulan Ramadhan guna menambah pengetahuan siswa mengenai Islam; 5) Budaya sedekah, melatih siswa untuk berbagi dengan sesama; 6) Budaya istighasah, dilaksanakan setiap akan melaksanakan ujian; 7) Budaya qurban, sebagai pelatihan bagi siswa tentang penyembelihan hewan qurban.