Menurut Laporan The Royal Islamic Strategic Studies Centre (RISSC) dengan tajuk the muslim 500 edisi 2023, jumlah muslim di Indonesia adalah 237,55 juta jiwa dan menjadi agama mayoritas di negara republik Indonesia. Indonesia merupakan negara multikultural dengan bukti keberagaman Suku, Agama, Ras dan Kepercayaan sehingga dengan keberagaman itu Indonesia harus menjadi rumah aman bagi semua warga negaranya, memenuhi hak warga negara tanpa adanya diskriminasi termasuk pemenuhan pendidikan agama bagi setiap pemeluknya di lembaga pendidikan. Undang-undang nomor 20 tahun 2003 tentang sistem pendidikan nasional mengamanatkan “Pendidikan agama sesuai dengan agama yang dianutnya serta diajarkan oleh guru yang seagama menjadi hak bagi setiap peserta didik” namun kenyataannya siswa muslim di SD Negeri 2 Serangan sejak tahun 2020 tidak memiliki guru pendidikan agama sehingga menjadi tantangan bagi sekolah tentang ancaman perilaku intoleransi antar siswa dengan perbedaan yang ada. Upaya yang dilakukan sebagai bentuk pencegahan, maka SD Negeri 2 Serangan mengembangkan karakter khususnya karakter toleransi kedalam muatan mata pelajaran PPKn serta melalui strategi khas SD Negeri 2 Serangan yaitu Habituasi sekolah dalam bentuk Afirmasi menyebarkan cinta dan kasih di lingkungan sekolah kepada peserta didik.
Berdasarkan uraian diatas, peneliti melakukan penelitian dengan rumusan masalah: 1). Bagaimana Manajemen Pendidikan Karakter Toleransi Berbasis Habituasi di SD Negeri 2 Serangan 2). Bagaimana Implikasi Manajemen Pendidikan Karakter Toleransi Terhadap Sikap Toleransi Siswa. Penelitian ini termasuk penelitian lapangan dengan menggunakan pendekatan kualitatif. Dalam pengumpulan data menggunakan metode pengamatan lapangan, wawancara, angket dan dokumentasi sebagai teknik pengumpulan datanya. Dan teknik yang dipilih dalam analisis data adalah teknik analisa data interaktif Miles and Huberman. Dari hasil penelitian dapat disimpulkan sebagai berikut: (1). Pendidikan Karakter Tolerasi Berbasis Habituasi di SD Negeri 2 Serangan melalui kegiatan didalam kelas dengan memasukan nilai toleransi pada muatan mata pelajaran PPKn dan program khusus habituasi sekolah yaitu memberikan afirmasi kepada peserta didik untuk selalu menyebarkan cinta dan kasih sayang kepada sesama dan lingkungan. Dalam proses belajar mengajar dikelas nilai pendidikan karakter toleransi dimuat dalam RPP dan diterapkan pada kegiatan belajar mengajar. Sedangkan, program habituasi sekolah dalam bentuk pemberian afirmasi untuk menyebar cinta dan kasih kepada peserta didik dilaksankan setiap pagi sebelum kegiatan pembelajaran di kelas dimulai. Evaluasi sikap toleransi siswa dilakukan secara langusng serta menggunakan Pedoman Penilaian Rubrik Sikap (Civic Disposition) oleh guru. (2). Hasil atau dampak yang terjadi pada siswa adalah siswa menjadi lebih memahami terntang karakter toleransi, siswa mampu membiasakan penerapan nilai toleransi dalam kehidupan di lingkungan sekolah. Siswa memiliki perilaku toleransi yang menjadi kebiasaan kepada teman yang berbeda pendapat, agama, suku dan ras dilingkungan sekolah